Après avoir terminé ses études à l'Université d'Édimbourg (PhD en 1973), il a commencé sa carrière universitaire à l'Université d'York et a passé trois ans comme détaché d'York en tant que Senior Fellow à l'International Institute of Environment and Development.
Il a annoncé[3] en , dans un discours officiel devant des ONG environnementales et des responsables politiques, qu'il estimait prospectivement que le monde, sans de profonds et rapides changements de comportements individuels et collectifs, allait vers un collapsus écologique et économique global (« Ecological Collaps » ou « Ecological Collapse » pour les anglosaxons) qu'il compare à un ouragan parfait (économique, social et environnemental), qui se concrétisera selon lui vers 2030. Ce scénario associe conjointement une crise alimentaire, sanitaire et sociale, une crise énergétique et une crise écologique majeure caractérisé par un effondrement brutal des écosystèmes, à l'échelle de la biosphère, c'est-à-dire de la planète tout entière, et dépassant les capacités de résilience écologique de la biosphère (à court, moyen ou long terme).
Dans ce scénario, dans le pire des cas, la capacité de la biosphère à s'auto-entretenir est détruite pour un temps plus ou moins long, voire définitivement ; c'est la réalisation à grande échelle de phénomènes, qui selon le biogéographe américain Jared Diamond, se sont déjà déroulés dans le passé, mais à très petite échelle, avec néanmoins la disparition brutale de civilisations entière (les pascuans de l'Île de Pâques, les incas des cités perdues, et peut-être la Mésopotamie antique).
Un tel scénario catastrophe était encore considéré comme très improbable par les gouvernants anglais et leurs conseillers en 2007. Début 2009, il ne l'était plus : avec la crise financière puis économique de 2008, puis les très mauvais résultats des indicateurs environnementaux mondiaux collectés pour préparer la conférence de Copenhague ; c'est la fourchette haute des prévisions antérieurs des experts du GIEC et des experts en biodiversité qui décrit le mieux la réalité. Le « Big collapse » n'est plus considéré comme improbable ni lointain par un certain nombre d'experts, dont le prospectiviste anglais Jonathon Porritt qui, peu après le discours de J. Beddington, a pour sa part estimé que Beddington était trop optimiste et que la date du collapsus général serait plutôt proche de 2020 que de 2030, mais il partage son analyse sur les causes et conditions de ce collapsus[4].
(en) J. R. Beddington, M. Asaduzzaman, M. E. Clark, A. Fernández Bremauntz, M. D. Guillou, D. J. B. Howlett, M. M. Jahn, E. Lin, T. Mamo, C. Negra, C. A. Nobre, R. J. Scholes, N. Van Bo et J. Wakhungu, « What Next for Agriculture After Durban? », Science, vol. 335, no 6066, , p. 289–290 (PMID22267797, DOI10.1126/science.1217941)
(en) H. C. J. Godfray, J. R. Beddington, I. R. Crute, L. Haddad, D. Lawrence, J. F. Muir, J. Pretty, S. Robinson, S. M. Thomas et C. Toulmin, « Food Security: The Challenge of Feeding 9 Billion People », Science, vol. 327, no 5967, , p. 812–818 (PMID20110467, DOI10.1126/science.1185383)
(en) J. R. Beddington, C. A. Free et J. H. Lawton, « Characteristics of successful natural enemies in models of biological control of insect pests », Nature, vol. 273, no 5663, , p. 513–519 (PMID661961, DOI10.1038/273513a0)