À partir de 1995, Jean Lionnet est membre du comité éditorial de la revue Early Music(en)[2],[5].
Comme chercheur, ses travaux se concentrent sur la musique à Rome, en particulier les pratiques d'exécution et la chapelle papale, la musique française du XVIIe siècle et la circulation de la musique à l'époque baroque[1].
Parmi les écrits de Jean Lionnet, figurent notamment[1] :
Ouvrage
La musique à Saint-Louis des Français de Rome au XVIIe siècle, Venise, 1985.
Articles
« Les activités musicales de Flavio Chigi, cardinal, neveu d’Alexandre VII », in Studi musicali, 9 (1980) ;
« La Salve de Sainte-Marie Majeure : la musique de la chapelle Borghese au 17ème siècle », in Studi musicali, 12 (1983) ;
« Una svolta nella storia del collegio dei cantori pontifici : il decreto del 22 guigno 1665 contro Orazio Benevolo, origine e conseguenze », in Nuova rivista musicale italiana, 17 (1983) ;
« André Maugars : riposta data a un curioso sul sentimento della musica d’Italia », in Nuova rivista musicale italiana, 19 (1985) ;
« La Cappella Pontificia e il regno di Napoli durante il Seicento », in La musica a Napoli durante il Seicento (Naples, 1985) ;
« Un musicista dimenticato : Dionigio Fregiotti », in Händel e gli Scarlatti a Roma (Rome 1985) ;
« La musique à Santa Maria della Consolazione au 17ème siècle », Note d'archivio per la storia musicale, nouvelle sér., 4 (1986) ;
« Palestrina e la Cappella Pontificia », in Studi palestriniani II: Palestrina (1986) ;
« Une partition inconnue d’Alessandro Scarlatti », in Studi musicali, 15 (1986) ;
« L’évolution du répertoire de la Chapelle Pontificale au cours du 17ème siècle », in International Musicological Society Congress Report XIV (Bologne 1987) ;
« Performance Practice in the Papal Chapel during the 17th Century », in Early Music, 15 (1987) ;
« Une « mode française » à Rome au XVIIe siècle », in Revue de musicologie, 77 (1991) ;
« La Sapienza e la musica nel Seicento », in Roma e lo studium urbis: spazio urbano e cultura dal Quattro al Seicento: Rome 1989, éd. P. Cherubini (Rome, 1992) ;
« La diffusion des manuscrits musicaux en Europe au XVIIe siècle », in Les samedis musicaux du château de Versailles, 9 mai–5 septembre (Versailles, 1992) ;
« La musique à San Giacomo degli Spagnoli au XVIIe siècle et les archives de la Congrégation des Espagnols de Rome », in La musica a Roma attraverso le fonti d’archivio (Rome 1992) ;
« The Borghese Family and Music during the First Half of the Seventeenth Century », Music & Letters, 74 (1993) ;
« Le répertoire des vêpres papales », in Collectanea II: Studien zur Geschichte der päpstlichen Kapelle, éd. B. Janz (Rome, 1994) ;
« Les événements musicaux de la légation du cardinal Flavio Chigi en France, été 1664 », in Studi musicali, 25 (1996).
