À la suite de la défense de son mémoire de licence en histoire[2], Jean-Louis Kupper devient l'assistant du professeur Fernand Vercauteren, puis du professeur André Joris, à l'Université de Liège. Il soutient sa thèse de doctorat en 1978 intitulée Liège et l'Église impériale. XIe – XIIe siècles, parue à Paris en 1981.
Après un passage au Fonds national de la recherche scientifique en tant que chercheur qualifié, il est devenu chargé de cours en 1988. Professeur ordinaire en 1992, il a également été Vice-Doyen de la Faculté de philosophie et lettres (1998-2000) avant de devenir doyen de cette même Faculté (2000-2002).
« Saint-Lambert, De l'histoire à la légende », Revue d'histoire ecclésiastique, vol. 79, , p. 5-49
« Les fonts baptismaux de l’église Notre-Dame à Liège », Feuillets de la cathédrale, nos 16-17,
Jean-Louis Kupper, Philippe Georgeet al., Liège : Autour de l'an mil, la naissance d'une principauté (Xe – XIIe siècle), Liège, éditions du Perron, (ISBN978-2-87114-178-5)
Histoire de la Principauté de Liège : de l'an mille à la Révolution, Toulouse,
Histoire de la Wallonie : de la préhistoire au XXIe siècle, Toulouse, 2004 (direction scientifique avec bruno demoulin (ISBN2708947796)
Philippe George, Charles le Téméraire : de la violence et du sacré, Liège,
Sébastien Dubois, Bruno Demoulin et Jean-Louis Kupper (sous la direction de), Les institutions publiques de la principauté de Liège (980-1794), Bruxelles, Archives de l'État, 2012, 2 vol.
Notger de Liège (972-1008), Bruxelles, Académie royale de Belgique, , 152 p. (ISBN978-2-8031-0503-8)