Entré à l'École normale supérieure en 1860, il est agrégé de philosophie en 1863 et docteur ès lettres en 1869. Il est professeur de philosophie au lycée de Douai, puis à la faculté des lettres de Dijon à partir de 1871. De 1881 à 1883, il supplée Elme-Marie Caro à la chaire de philosophie de la Sorbonne, où il enseigne la psychologie comparée. À partir de 1887, il est chargé d'un cours de science criminelle et pénitentiaire à la faculté de droit de Paris. Il est élu membre de l'Académie des sciences morales et politiques en 1903.
Henri Joly a publié des ouvrages dans de nombreux domaines : psychologie et psychologie comparée, philosophie (y compris des cours de philosophie et des manuels scolaires), criminologie, philosophie religieuse, socialisme chrétien, vie des saints. Membre de la Société d'économie sociale et contributeur à la revue La réforme sociale, il a également été vice-président de la Ligue nationale contre l'athéisme en 1895, président de la Croix-Blanche en 1900 et de la Société générale des prisons en 1905.
Principales publications
L'Instinct, ses rapports avec la vie et avec l'intelligence, essai de psychologie comparée (1869)
Le Socialisme chrétien, les origines, la tradition, les hérésies, théologiens, prédicateurs, missionnaires, la crise de 1848, les dernières écoles (1892)
À travers l'Europe, enquêtes et notes de voyage. En Finlande. À la recherche de l'éducation correctionnelle. Une mission à Londres. Le tour de l'Autriche. Au-delà des Pyrénées (1898)
Souvenirs universitaires, précédés des Souvenirs bourguignons (1922)
Les Crises sociales de l'Italie (1924)
Génies sains et génies malades (1928)
Annexes
Bibliographie
Philippe Veilt, « La Géographie sociale du crime selon Henri Joly » in Laurent Mucchielli (dir.), Histoire de la criminologie française, L'Harmattan, Paris, 1994.