Après sa mise en service, il rejoint la 3e flottille de destroyers de la Home Fleet couvrant la mer du Nord et les atterrages occidentaux. En , il fait partie de l'escorte des convois de l'Arctique vers l'Union soviétique, protégeant les navires marchands et fournissant des approvisionnements vitaux à l'URSS pour sa guerre contre l'Allemagne nazie. Il est en réparation de mai à et sert à nouveau dans la Home Fleet où il opère au large des atterrages occidentaux. Le , il participe à une mission d'appui de la Royal Air Force visant à neutraliser le cuirassé allemand Tirpitz, transportant du personnel de la RAF des îles Féroé à Mourmansk. Le , le Musketeer est impliqué dans une collision avec le destroyer polonais ORP Błyskawica. Les réparations s'achèvent au début d'avril, reprenant du service avec les convois russes.
Théâtre méditerranéen
Le , le Musketeer est affecté en Méditerranée orientale. Il opère principalement en mer Égée, soutenant la reconquête d'îles tenues par l'ennemi et opérant contre les petits navires communistes grecs de l'ELAN (Marine de libération du peuple grec). Après la fin de la guerre en , le destroyer reste présent en Méditerranée et apporte son aide aux garnisons de Trieste et de la Grèce continentale.
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