De leur union naissent trois enfants, titrés comte et comtesse palatins de Birkenfeld à Gelnhausen puis, à partir de 1799, duc et duchesse en Bavière[3] :
Le , lorsque son cousin (et beau-frère) accède au trône de Bavière, Guillaume de Bavière devient duc en Bavière. Il reçoit par un contrat d'apanage du , le duché de Berg, que la Bavière cède de nouveau à la Prusse par additif au contrat d'alliance de Brunn, signé à Schönbrunn le , en échange du margraviat d'Ansbach[1].
Allié à la France Napoléonienne qui a fait de la Bavière un royaume en 1805, le roi Maximilien Ier marie sa fille aîné au fils adoptif du souverain Français tandis que Guillaume donne sa fille en mariage au prince souverain de Neuchâtel (qui n'est autre qu'un maréchal de France). Cependant, quand il est question de marier le prince royal de Bavière à une Napoléonide, le souverain Bavarois réagit prestement en mariant son fils à une princesse Allemande à l'arbre généalogique irréprochable. De même, il saura prendre ses distances avec l'Empire Français quand sonnera pour ce dernier l'heure de la défaite. Pour mieux se rapprocher de l'Europe de la restauration, il mariera ses filles aux têtes couronnées d'Europe. A la même époque, le prince de Neuchâtel meurt à Bamberg dans des conditions mal éclaircies. Toutes ces bassesses dynastiques et politiques aigriront le caractère du fils du duc en Bavière qui développera une profonde misanthropie, se révèlera colérique voire violent.
Guillaume en Bavière meurt à Bamberg, le , à l'âge de 84 ans. Il est initialement inhumé en l'abbaye de Banz le , puis en 1883, lors de la dissolution de la crypte familiale de Banz, à l'abbaye de Tegernsee[1]. Son fils le suit de peu dans la tombe.