L'œuvre scientifique et littéraire de Fernando Bruquetas est orientée vers l'histoire des îles Canaries, ainsi que l'histoire LGBT. Son essaiOuting en Espagne est précurseur du thème de la visibilité des homosexuels en langue espagnole. Le prologue de ce travail s'inspire de l'histoire de l'homme politiqueJerónimo Saavedra qui, après avoir dévoilé son orientation sexuelle, jouit d'une grande reconnaissance sociale.
Fernando Bruquetas de Castro publie plusieurs articles et présente plusieurs communications à des congrès internationaux qui traitent de l'histoire de l'Espagne et de l'archipel canarien. Il collabore également dans une chronique sociale avec les journaux des îles Canariennes, Canarias 7, La Provincia et El Mundo-La Gaceta.
Fernando Bruquetas est membre de la Fundación Española de Historia Moderna (Fondation espagnole d'histoire moderne), de l'Asociación de Historia Militar (Association d'histoire militaire), partenaire du Musée Canarien, de même qu'académicien, correspondant des Académies d'études et de relations internationales de Saint-Domingue et de Mexico.
2002 : (es) Fernando Bruquetas de Castro, Reyes que amaron como reinas : de Juli César al Duque de Windsor, La Esfera de los Libros S.L., , 358 p. (ISBN84-9734-076-0)
2003 : (es) Reyes que amaron como reinas: de Julio César al Duque de Windsor (ISBN978-84-9734-076-2)
2006 : (es) La historia de los burdeles en España: de lupanares, puteríos reales y otras mancebías (ISBN978-84-9734-452-4).
2009 : (es) Fernando Bruquetas de Castro, « Proceso por sodomía a dos marineros de la flota de Indias, 1560 », Cyber Humanitatis, (lire en ligne, consulté le )