Les services de l'administration départementale sont situés pour la plupart dans une ville qui porte le titre de cabecera, terme équivalent aussi bien à « chef-lieu » qu'à « capitale ».
Le chef-lieu est habituellement situé dans la ville la plus peuplée du département.
1825. La première division territoriale est intervenue le , lorsque l'Assemblée constituante de la république fédérale des Provinces unies d'Amérique centrale a décrété la division de ce qui est l'actuel Honduras en sept départements (en italique la correspondance approximative avec les départements actuels) :
Choluteca (Choluteca) ;
Comayagua (Comayagua, Intibucá, La Paz, Valle, Francisco Morazán en partie);
Gracias (Copán, Lempira, Ocotepeque) ;
Olancho (El Paraíso, Olancho) ;
Santa Bárbara (Cortés, Santa Bárbara) ;
Tegucigalpa (Francisco Morazán en partie) ;
Yoro (Atlántida, Colón, Gracias a Dios, Yoro).
1834. Une nouvelle division territoriale réduit à quatre le nombre des départements :