La Coupe CECAFA des nations 1999 est la vingt-troisième édition de la Coupe CECAFA des nations qui a eu lieu au Rwanda du 24 juillet au . Les nations membres de la CECAFA (Confédération d'Afrique centrale et de l'Est) sont invitées à participer à la compétition, qui fait sa réapparition après trois années d'absence. Elle a été décalée de six mois car l'élection du président de la FIFA en a conduit la CECAFA à reporter l'épreuve.
Pour la première fois dans l'histoire de la CECAFA, c'est une équipe B, celle du Rwanda (pays organisateur) qui remporte la compétition en s'imposant en finale face au Kenya. L'équipe première du Rwanda monte sur la troisième marche du podium. C'est le tout premier titre de champion de la CECAFA pour la sélection réserve rwandaise, qui a dû passer par un tirage au sort à l'issue de la poule du premier tour pour être départagé avec l'Érythrée.
.svg){kind=small}
