Officiellement, le premier match de l'Universitario de Deportes féminines a lieu le contre le José Pardo de Miraflores, confrontation historique puisqu'il s'agit de la première rencontre entre deux équipes féminines au Pérou, même s'il s'agit d'un match amical[2].
Près de 40 ans plus tard, le football féminin reprend son activité et de 1990 à 2003, l'Universitario de Deportes dispose d'une section féminine, mais en raison de problèmes économiques, le club cesse d'investir dans cette discipline[3]. Il faut attendre 2010 pour que le football féminin y retrouve sa place[3].
L'Universitario de Deportes féminin réalise le triplé en remportant le championnat du Pérou en 2015, 2016 et 2016-2017[4]. Il a d'ailleurs l'occasion de participer à la Copa Libertadores en 2015, 2016 et 2017.
Le le club joue contre l'Alianza Lima la finale de la zone Lima à l'Estadio Nacional (victoire 2-1)[5], match historique puisqu'il s'agit de la première rencontre entre clubs féminins télévisée au Pérou[6]. Les deux clubs se retrouvent moins de deux mois plus tard, le , afin de disputer la finale du championnat métropolitain de Lima-Callao, avec une nouvelle victoire de l'Universitario sur son classique rival sur le même score[7]. Enfin, le , en s'imposant 6-1 sur le Deportivo Amazon Sky, les Cremas remportent leur quatrième championnat national, assurant ainsi leur qualification à la Copa Libertadores 2020[8].
Deux ans plus tard, l'Universitario retrouve l'Alianza Lima cette fois-ci en finale du championnat 2021. Invaincues face à leur rival depuis leur première confrontation en 1997[9], les Cremas s'inclinent 0-1 ratant l'occasion de disputer la Copa Libertadores 2021. Cependant elles prennent leur revanche sur l'Alianza Lima à l'occasion de la finale du championnat 2023, en s'imposant sur deux manches (0-1, 2-0).
Qualifiées à l'édition 2023 de la Copa Libertadores, les joueuses de l'Universitario en sont rapidement éliminées, établissant le triste record d'être l'équipe accumulant à la fois le plus de défaites et le plus de buts encaissés dans ce tournoi continental (12 défaites en 14 matchs, avec 58 buts encaissés)[10].
