La compétition change de formule cette année avec l'augmentation du nombre d'équipes engagées, qui passe de 38 à 47, pour un total de dix nations participantes puisque le Mexique choisit de n'engager aucun club, pour des soucis d'organisation du calendrier du championnat. De plus, dix équipes éliminées lors de la phase de groupes de la Libertadores sont repêchées en Copa Sudamericana 2017, à l'image de ce qui se fait en Europe entre la Ligue des champions et la Ligue Europa. Cette saison, les dix fédérations membres de la CONMEBOL peuvent aligner quatre équipes, sauf le Brésil et l'Argentine qui ont droit respectivement à 8 et 6 clubs. Un troisième tour préliminaire est ajouté puisque 28 clubs se qualifient directement pour la phase de poules, ne laissant que quatre places attribuées par le biais des tours préliminaires. Le tenant du titre, la formation colombienne de l'Atlético Nacional est automatiquement qualifié hors quota de sa fédération.
Les équipes classées 4e des six nations les moins performantes (Bolivie, Uruguay, Équateur, Pérou, Paraguay et Venezuela) entrent en lice pour décrocher l'une des trois places pour le second tour préliminaire. Les rencontres ont lieu les 23 et .
Les trois équipes qualifiées rejoignent treize clubs entrant en lice lors de ce second tour. Les rencontres aller ont lieu entre le et le , les rencontres retour entre le 7 et le .
Les huit clubs qualifiés s'affrontent pour déterminer les quatre équipes qualifiées pour la phase de groupes. Deux équipes éliminées à ce stade de la compétition sont repêchées en Copa Sudamericana 2017. Les rencontres aller ont lieu entre le 14 et le , les rencontres retour entre le 21 et le .
Les quatre qualifiés via les tours préliminaires rejoignent les 28 équipes entrant en lice lors de la phase de poules. Les 32 formations sont réparties en huit poules de quatre et s'affrontent à deux reprises. Les deux premiers se qualifient pour les huitièmes de finale, les huit troisièmes sont repêchés en Copa Sudamericana 2017 et les quatrièmes sont éliminés.
1 La CONMEBOL a décerné à Lanús une victoire 3-0 à la suite de la sélection du joueur de Chapecoense Luiz Otávio alors qu'il était pas inscrit sur la feuille de match. Le match s'est terminé à l'origine sur le score de 1-2 pour Chapecoense.
Les matchs de la phase finale sont à élimination directe. En cas de match nul à la fin du temps réglementaire, une prolongation de deux fois quinze minutes est jouée (une victoire après prolongation est indiquée par (a.p.) dans le tableau). Les règles dites du but en or ou du but en argent ne s'appliquent pas. Si les deux équipes sont toujours à égalité, une séance de tirs au but (t.a.b.) détermine le vainqueur.
La finale se joue en deux rencontres où l'équipe la mieux classée à l'issue de la phase de groupes reçoit lors de la manche retour. Si, à l'issue de la double confrontation, les deux équipes ne peuvent se départager, alors la règle du but à l'extérieur ne s'applique pas et une période de prolongations de 30 minutes est jouée puis une séance de tirs au but si l'égalité persiste.
.svg&lang=fr)
.svg){kind=small}
