Supprimée en , sous la Révolution, la chapelle est vendue comme bien national en et partagée en deux par un mur. Une partie ayant servi d'écurie retrouve sa fonction culturelle en après rejointoiement des murs et percement de fenêtres. Le couvrement est cependant conservé[8].
Les restes de la nef, au no 19 rue des Ursins, sont classés par arrêté du . Les vestiges du chœur, au no 24 rue Chanoinesse, sont classés par arrêté du [1].
Huit chapiteaux et huit éléments du montant gauche du portail sud sont conservés, probablement le plus ancien portail sculpté conservé à Paris.
Sur les 23 sanctuaires élevés dans l'île de la Cité, la chapelle Saint-Aignan est la seule église subsistant en élévation (hormis la cathédrale Notre-Dame et la Sainte-Chapelle)[1]. La chapelle Saint-Aignan est l'un des rares témoins de l'architecture romane à Paris.
Antoine-Pierre-Marie Gilbert, « Souvenirs historiques de la chapelle de Saint-Aignan, et du cloître Notre-Dame, à Paris », Revue archéologique, vol. 4, no 1, 15 mars-15 octobre 1847, p. 164–171 (JSTOR41745623).
Charles Sellier, « Notice présentée par M. Charles Sellier sur la chapelle Saint-Aignan », Procès-verbaux, Commission du Vieux Paris, no 1 « Séance du », , p. 3–8 (lire en ligne).
Jacques Silvestre de Sacy, Yvan Christ et Philippe Siguret, « La chapelle Saint-Aignan », dans L'île Saint-Louis, l'île de la cité, le quartier de l'ancienne université : Monographies des hôtels, des églises, des collèges, Paris, Henri Veyrier, coll. « Paris et ses quartiers », (réimpr. 1988), 395 p. (ISBN2-85199-340-2 et 2-85199-678-9), p. 150.