Le 3. Liga 2008-2009 est la 1re édition de la 3. Liga, la troisième division du footballallemand. Auparavant le troisième niveau du football allemand était la Regionalliga avec une poule Nord et une poule Sud.
Les vingt clubs participants au championnat sont confrontés à deux reprises aux dix-neuf autres.
À la fin de la saison, les deux premiers sont promus en 2. Bundesliga. Un match de barrage aller/retour oppose le troisième du classement final de la 3. Liga au seizième de la 2. Bundesliga.
Les trois derniers ont été relégués en Regionalliga.
Le classement est établi sur le barème de points classique (victoire à 3 points, match nul à 1, défaite à 0).
Pour départager les égalités, on tient d'abord compte de la différence de buts générale, puis du nombre de buts marqués, puis des confrontations directes et enfin si la qualification ou la relégation est en jeu, les deux équipes jouent une rencontre d'appui sur terrain neutre.