1999 : 1re participation à la Bundesliga 1 (saison 1999/2000). Lors de la dernière journée, Unterhaching bat Bayer Leverkusen à domicile (2-0), ce qui permet au Bayern Munich de devenir champion. Les responsables de la fédération de football, pensant que Leverkusen allait emporter le match, étaient venus au Sportpark Unterhaching pour remettre le trophée de champion au Bayer Leverkusen ! À quelques kilomètres de là, le Bayern Munich n'eut droit qu'à une copie du trophée[1]. Unterhaching termina 10e de la Bundesliga, devant des clubs comme Schalke 04 ou le Borussia Dortmund.
2001 : Relégation en Bundesliga 2. S'ensuivirent des années d'ascenseur entre la 3e et la 2e division.
2007 à 2011 : Le club s'établit en 3e division et connait des problèmes financiers.
2011 à 2016 : Unterhaching ayant réduit de moitié son budget, se décrit comme un club formateur. En 2015, le club est relégué en 4e division, 19e/20.
2016 : Regionalliga Bayern
2017 : champion de Regionalliga Bayern, vainqueur en barrages d'Evelsberg (1 victoire, 1 nul : 3-0/2-2)
2018-2020 : Retour en 3.Liga dans le ventre mou : 9e, 10e, 11e
2021 : 20e, dernier : descente en 4e division (Regionalliga Bayern)
2022 : champion de Regionalliga Bayern, vainqueur en barrages de l'E. Cottbus (2 victoires : 2-1/2-0)
