En tant que commandant de zone maritime, Alindien relève directement du chef d'état-major des armées (CEMA) ; en tant que commandant de forces maritimes, Alindien relève de l'amiral commandant la force d'action navale (ALFAN) pour la gestion et l'entraînement des unités présentes en océan Indien (hors FAZSOI).
Alindien assure normalement le contrôle opérationnel des unités et forces maritimes déployés dans sa zone de compétence, à moins qu'un autre commandant n'ait été désigné à cet effet pour une opération particulière.
Alindien assure également une forte activité de diplomatie de défense auprès de tous les pays de la zone, et cherche systématiquement à construire et développer avec eux une coopération militaire.
Il est chargé de :
contribuer à la stabilisation et au maintien de la paix dans la zone ;
contribuer à la sécurité des espaces maritimes ;
conduire des opérations militaires;
participer à la protection des ressortissants français ;
promouvoir la politique de défense de la France et animer les relations militaires bilatérales avec les différents pays de la zone.
Pour mener l’ensemble de ses missions ALINDIEN dispose des moyens des FFEAU et peut également avoir recours aux moyens prépositionnés auprès des forces armées en zone Sud de l’Océan Indien mais aussi des forces françaises stationnées à Djibouti. Il peut également être amené à prendre le contrôle opérationnel des bâtiments français qui transitent dans sa zone de responsabilité.
Alindien a exercé son commandement de 1973 à 2010 depuis un pétrolier-ravitailleur (La Charente A-626, un pétrolier norvégien reconverti de 1973 au puis le Var jusqu'en 2010) sur lequel il était embarqué avec son état-major et qui portait sa marque. C'était le seul commandement maritime embarqué de façon permanente de la Marine nationale. Son point d'appui principal est, depuis 2009, la base navale de soutien de Port Zayed qui relève de sa responsabilité.
Unités déployées
Permanentes
Le Commando Arta (détachement d'une soixantaine de commandos basé à Djibouti).
Le Groupe d'Intervention Renforcé (GIR) de Djibouti qui comprend une cinquantaine de fusiliers marins chargés de diverses taches de sécurisation.
Périodiques
1 à 2 bâtiments de combat, généralement une frégate et un aviso, sont déployés en permanence dans l'océan Indien.
Déployés de Brest ou Toulon, ils effectuent des missions de trois à cinq mois dans la zone.
Le commando Arta s'entraine à Djibouti avec des troupes de l’armée des États-Unis.
Occasionnelles
Pour mener à bien l’ensemble de ses missions Alindien peut également disposer occasionnellement de moyens dépendant des FASZOI, notamment les frégates de surveillance Floréal et Nivôse basées à la Réunion, lorsque ceux-ci entrent dans sa zone de responsabilité.
Le groupe Jeanne d'Arc (un BPC et une frégate) effectue presque chaque année, un passage dans l'Océan Indien sous le commandement de l'amiral commandant de la zone maritime de l'océan Indien. Le groupe aéronaval a été déployé à cinq reprises en océan Indien entre 2001 et 2011 sous la conduite de Alindien. La Marine Nationale déploie tous les deux ans un groupe de guerre des mines dans le Golfe Persique.
En fonction des opérations en cours, sous-marins ou bâtiments océanographiques peuvent effectuer des missions périodiques. Un Atlantique 2 ou un aéronef de surveillance maritime de type Falcon 50 est déployé ponctuellement et est basé à Djibouti.
Missions accomplies par les forces navales en océan indien
Opération Prométhée[2] : Déploiement de bâtiments français dans le Golfe pour dissuader toute action de l'Iran ou de l'Irak sur le trafic pétrolier durant la guerre Iran-Irak. À plusieurs reprises, les chasseurs de mines français ont assuré la sécurité des rails de navigation commerciale des détroits.
Opération Oside (07-16/12/1989) : Expulsion de Bob Denard et de ses mercenaires des Comores, Alindien assure le commandement de la force navale.
Évacuation des ressortissants étrangers d'Aden en 1986 et 1994.
Opérations ONUSOM I et II destinées à soulager la population somalienne menacée par la guerre civile en 1992.
Opération Condor de à : Surveillance des iles Hanish dans le cadre de la médiation entre le Yémen et l'Érythrée, qui a été confiée à la France par l'ONU.
Mission d’assistance à caractère opérationnel Khor Angar : De à , moyens terrestre, aériens et navals mis en œuvre pour assurer la protection des atterrages de Djibouti en raison de la guerre entre l'Érythrée et l'Éthiopie.
Opération Héraclès : De 2001 à 2012, la France est engagée au côté des États-Unis dans la lutte contre le terrorisme dans la guerre d'Afghanistan.
Opération d'assistance humanitaire Beryx : En , pour venir en aide aux populations affectées par le tsunami du 26 décembre 2004.
