Alain Gagnon remporte à deux reprises le Prix fiction roman du Salon du Livre du Saguenay-Lac-Saint-Jean pour Sud (Pleine Lune, 1996) et Thomas K (Pleine Lune, 1998). Trois de ses romans sont par la suite parus chez Triptyque : Lélie ou la vie horizontale (2003), Jakob, fils de Jakob (2004) et Le Truc de l’oncle Henry (2006).
Il reçoit à quatre reprises le Prix poésie du même salon pour Ces oiseaux de mémoire (Le Loup de Gouttière, 2003), L’Espace de la musique (Triptyque, 2005), Les Versets du pluriel (Triptyque, 2008) et Chants d’août (Triptyque, 2011).
En , on lui décerne le Prix littéraire Intérêt général pour son essai, Propos pour Jacob (La Grenouille Bleue, 2010). Il a aussi publié quelques ouvrages du genre fantastique, dont Kassauan et Cornes (Éd. du CRAM) et Le Bal des dieux (Marcel Broquet). On compte également plusieurs parutions chez Lanctôt Éditeur (Michel Brûlé), Pierre Tisseyre et JCL.
De à , il a joué le rôle d’éditeur associé à la Grenouille bleue. Il gère un blogue, qui réunit des chroniqueurs de toutes provenances géographiques et est devenu un véritable magazine littéraire en francophonie : Le Chat Qui Louche1 et 2.
Œuvres
Romans
Ilsë, Cercle du Livre de France (Éditions Pierre Tisseyre), 1972
La Grenouille et le Bulldozer, Cercle du Livre de France (Éditions Pierre Tisseyre), 1973
La Damnation au quotidien, Cercle du Livre de France (Éditions Pierre Tisseyre), 1979
Il n'y a pas d'hiver à Kingston, Cercle du Livre de France (Éditions Pierre Tisseyre), 1982
Le Gardien des glaces, Cercle du Livre de France (Éditions Pierre Tisseyre), 1984 ; réédition dans une version révisée aux éditions SMn, 2008
Rock, Éditions JCL, 1988
La Langue des Abeilles, Éditions JCL, 1990
Gros Lot, Éditions JCL, 1991
Le Dire de Gros-Pierre, Éditions JCL, 1995
Sud, Éditions de la Pleine Lune, 1995
Thomas K, Éditions de la Pleine Lune, 1997
Almazar dans la Cité, Lanctôt Éditeur, 1999
Lélie ou la vie horizontale, Éditions Triptyque, 2003
Jakob, fils de Jakob, Éditions Triptyque, 2004
Le Truc de l’oncle Henry, Éditions Triptyque, 2006
Kassauan, Éditions du CRAM, 2008
Cornes, Éditions du CRAM, 2009
Le Bal des dieux, Chez Marcel Broquet, La Nouvelle Édition, 2011
Recueils de nouvelles
Le Pour et le Contre, Cercle du Livre de France (Éditions Pierre Tisseyre), 1970
L'Iceberg de Lou Morrison, Éditions Trait d'Union, 2003
Chroniques d’Euxémie, Éditions du CRAM, 2008
Les Dames de l'Estuaire - trois novellas, Éditions Triptyque, 2013
Poésie
Poèmes de l'homme non né, Cercle du Livre de France (Éditions Pierre Tisseyre), 1975
Le Jourdain inversé, Cercle du Livre de France (Éditions Pierre Tisseyre), 1977
L'Absente-Et-Voilà, Éditions JCL, 1985
Architecturart, Éditions JCL, 1986
Visiteurs sur la planète bleue, Éditions JCL, 1988
Chants de la cinquième saison, Éditions JCL, 1992
Ces oiseaux de mémoire, Éditions Au Loup de Gouttière, 2003
L’Espace de la musique, Éditions Triptyque, 2005
Les Versets du pluriel, Éditions Triptyque, 2008
Chants d'août - proses brèves, Éditions Triptyque, 2011
Essais
Propos pour Jacob, éditions de la Grenouille Bleue, 2010
Fantômes d'étoiles, Chez Marcel Broquet, La Nouvelle Édition, 2015
Carnets
Le Chien de Dieu, Éditions du CRAM, 2010
Autres publications
Triptyque de l'homme en queste, contes, Cercle du Livre de France (Éditions Pierre Tisseyre), 1971
Gilgamesh, prose poétique, Éditions JCL, 1986
Le Ruban de la Louve, contes, Lanctôt Éditeur, 2000
Parutions dans la presse
Café rose et chien écrasé, (nouvelle), Montréal, Actualité, août 1972.
L'Ours, la Bière et l'Hôpital, (récit), Montréal, Perspectives, octobre 1973.
Du Sakini au Piékouagami, (récit en prose poétique), collection Études et dossiers, Éditeur officiel du Québec, 1977.
Joyeux Noël, (nouvelle), dans Traces, Éditions Sagamie, 1984.
Pourquoi lire ? dans le LéZ'Arts, Cahier Culturel du Progrès-dimanche, 2 avril 1995.
Ces rivières qui remontent le temps, (nouvelle), dans Un lac, un Fjord 1, collectif de l’APES, 1994.
Le Lac perdu, (nouvelle), dans Un Lac, un Fjord 2, collectif de l'APES, JCL, 1995.
Natacha et les deux Ivan, (nouvelle), dans Un Lac, un Fjord 3, collectif de l'APES, 1996.
Le Mal d’Espagne, (nouvelle), dans Un lac, un Fjord 4, collectif de l’APES, 1997.
À l'été 1998 : Conjointement avec l'artiste peintre Johanne Fleury, une réalisation interdisciplinaire sur le thème des Bernaches – douze tableaux et textes afférents exposés au Musée Louis-Hémon.
Radio
Gros-Pierre et Tobie, dramatique de 30 minutes pour Le lundi, c'est dramatique, à la radio FM de la SRC ; réalisateur Robert Trudeau, .
Le Loup des mers (de Jack London), présentation de 30 minutes pour Le mercredi, c'est toute une histoire, à la radio FM de la SRC ; réalisateur Robert Trudeau, .
Traductions
Au Cercle du Livre de France, 1976 : Les Communautés portugaises du Canada, in Collection L'héritage du futur ; traduction de An Olive Branch on a Maple Tree, de Grace M. Anderson et David Higgs.
Aux Éditions JCL, 1997 : L’Invitation, traduction de The Invitation, de Joan Haggerty, David & McIntyre, Toronto, 1994.
Prix
Propos pour Jacob, (essai), 2010. (Prix intérêt général du Salon du livre du SLSJ, 2011)
Chants d'août - proses brèves, (poèmes), 2011. (Prix de la poésie du Salon du Livre du SLSJ, 2012)
Les Versets du pluriel, (poésie), 2008. (Prix de la poésie du Salon du Livre du SLSJ, 2009)
L’Espace de la musique, (poèmes), 2005. (Prix de la poésie du Salon du Livre du SLSJ, 2006)
Ces oiseaux de mémoire, (poèmes), 2003. (Prix de la poésie du Salon du Livre du SLSJ, 2004)
Sud, (roman), 1995. (Prix fiction-roman du Salon du Livre du SLSJ, 1996)
Thomas K, (roman), 1997. (Prix fiction-roman du Salon du Livre du SLSJ, 1998)
Le Gardien des glaces, (roman), 1984. (Prix fiction-roman de la BCP–SLSJ, 1985 — ex-æquo avec Mme Danielle Dubé)
Géographies premières, (poésie), 2006. (Finaliste aux Prix littéraires de Radio-Canada)