La diócesis fue erigida el 20 de abril de 1934 con la bulaNobilis Argentinae nationis del papaPío XI, obteniendo el territorio de la diócesis de Salta, que simultáneamente fue elevada a arquidiócesis metropolitana.[1]
Apostolicae potestatis plenitudine, ea quae sequuntur statuimus ac decernimus: Decem novas dioeceses in Republica Argentina erigimus et constituimus, scilicet: Jujuiensem (...) Dioecesis Jujuiensis territorio constabit, quo et eiusdem nominis provincia civilis, hucusque ad dioecesim Saltensem pertinente, ac paroecias complectetur: Ssmo Salvador, San Fedro de Rio Negro, N. S. del Rosario de Ledesma, Perico del Carmen, Perico de San Antonio, Titeara, Tumbaya, Humahuaca, Valle Grande, Chochinoca, Santa Catalina, Rinconada, Yavi vulgo nuncupatas, quas idcirco a Saltensi dioecesi separamus. Novae huius dioecesis sedem episcopalem in Jujuy urbe constituimus; cathedram vero in ecclesia Sanctissimi Salvatoris.
Parte de la bula Nobilis Argentinae nationis
El 1 de julio de 1960, con la carta apostólicaSingulari studio, el papa Juan XXIII proclamó a la Bienaventurada Virgen María del Santísimo Rosario como patrona principal de la diócesis.[2]