Die Seebestattung von Osama bin Laden am 2. Mai 2011 kritisierte Bauer als „kaum mit dem islamischen Recht in Deckung zu bringen“, und er vermutete, „dass die USA den Leichnam einfach schnellstmöglich verschwinden lassen wollten“.[2]
Bauer konstatiert, dass der Islam der Moderne weniger tolerant geworden sei:
„In der klassischen Zeit war ein Gelehrter stolz, möglichst viele Interpretationen des Korans zu kennen, nicht eine einzige. Auch säkulare und religiöse Diskurse existierten friedlich nebeneinander.“[3]
Thomas Bauer veröffentlichte über 40 Publikationen in Fachzeitschriften. Schwerpunkte sind historische und sprachwissenschaftliche Untersuchungen.
Das Pflanzenbuch des Abū Ḥanīfa ad-Dīnawarī. Harrassowitz, Wiesbaden 1988, ISBN 3-447-02822-X.
Altarabische Dichtkunst. Harrassowitz, Wiesbaden 1989, ISBN 3-447-03289-8.
Liebe und Liebesdichtung in der arabischen Welt des 9. und 10. Jahrhunderts. Harrassowitz, Wiesbaden 1998, ISBN 3-447-04104-8.
(Hrsg.): Alltagsleben und materielle Kultur in der arabischen Sprache und Literatur. Harrassowitz, Wiesbaden 2005, ISBN 3-447-05009-8.
mit Angelika Neuwirth (Hrsg.): Ghazal as world literature. Ergon, Würzburg. Teil 1: Transformations of a literary genre. 2005, ISBN 3-89913-406-0. Teil 2: From a literary genre to a great tradition. 2006, ISBN 3-89913-479-6.
Die Kultur der Ambiguität. Eine andere Geschichte des Islams. Verlag der Weltreligionen, Berlin 2011, ISBN 978-3-458-71033-2.
