Der Stichkanal beginnt in Seelze-Lohnde bei Kanalkilometer 149,59[1] des Mittellandkanals und führt zunächst Richtung Osten. In Seelze befindet sich ein Yachthafen.
Nach etwa 8 km überquert der Stichkanal die Grenze zur Stadt Hannover. Anschließend zweigt im Stadtteil Limmer der Verbindungskanal zur Leine ab, der Anschluss an die Leine und die Ihme bietet. Der Stichkanal Hannover-Linden führt in südöstlicher Richtung weiter bis zur Hafenschleuse Linden. Die Schleuse hebt das Niveau um 7,80 m auf die Höhe des Hafenbeckens von 58,1 m ü. NN. Die Bundeswasserstraße[2] endet bei km 10,75[1] und das Hafenbecken bei km 11,2. Für die Bundeswasserstraße ist seit dem 5. Februar 2020 das neu geschaffene Wasserstraßen- und Schifffahrtsamt Mittellandkanal / Elbe-Seitenkanal zuständig (zuvor das Wasserstraßen- und Schifffahrtsamt Braunschweig).