Der Archipel besteht aus 15 Inseln mit einer Gesamtfläche von etwa 2.500 km². Sie sind von der Küste (Tugurbucht und Tugurhalbinsel) durch schmale Meerengen getrennt, darunter die nur vier Kilometer breite Lindholmstraße zwischen dem Festland und den nächstgelegenen Inseln. Nordwestlich der Inseln erstreckt sich die Udabucht, südöstlich die Akademiebucht. Das Seegebiet zwischen Schantarinseln und Festland wird auch als Schantarmeer (Шантарское море/ Schantarskoje more) bezeichnet.