Holzapfel wuchs als Sohn eines Arztes und Freidenkers jüdischer Abstammung in Krakau auf. Nach dem frühen Tod des Vaters musste er mit Verwandten nach Kapstadt auswandern. Nach längerer Tätigkeit als Schriftsetzer in London reiste er nach Zürich, wo er bei Richard Avenarius bis 1896 studierte. Von 1898 bis 1901 verfasste er in Cherson, Südrussland, eine erste Fassung seines Hauptwerks Panideal. Dann setzte er seine Studien in Bern fort, wo er 1903 bei Ludwig Stein (1859–1930) promovierte. Er versuchte mit seinem Werk eine umfassende Weltanschauung, den sogenannten „Panidealismus“, darzustellen. Er betonte die Prägung des Menschen durch seine soziale Umwelt, seine ihn „umgebende Gemeinschaft“ und seine Einbindung in den „interindividuellen Verkehr“.
Zu seinem Gedenken erbaute die Internationale panidealistische Vereinigung nach den Plänen seiner Witwe im Wäldchen Mettlenhölzli in Muri bei Bern eine Grabkapelle.
Werke
Panideal. Psychologie der sozialen Gefühle. Mit einem Vorwort von Ernst Mach. Barth, Leipzig 1901
„Neue, sehr veränderte und erweiterte Auflage“ als: Panideal. Das Seelenleben und seine soziale Neugestaltung. 2 Bände, Diederichs, Jena 1923
Wesen und Methoden der sozialen Psychologie. Dissertation Bern 1903
Welterlebnis. Das religiöse Leben und seine Neugestaltung. 2 Bände, Diederichs, Jena 1928
Neuausgabe: Hauptwerke. 2 Bände: Panideal und Welterlebnis. Neu herausgegeben von der Gesellschaft für eine Gesamtkultur. Sauerländer, Aarau 1983
Heilige Ewigkeit. Dichtung. DVA, Stuttgart 1932
Nachgelassene Schriften. Zur Psychologie des sozialen Verkehrs – des Kultus – des Schaffens und der Erkenntnis. Niehans, Zürich 1939
Wladimir Astrow: Rudolf Maria Holzapfel – Der Schöpfer des Panideal. Ein neues Leben. Mit einem Vorwort von Romain Rolland. Diederichs, Jena 1928
Rudolf Maria Holzapfel zum Gedächtnis. Schwabe, Basel 1930
Adalbert Bruno Ekowski: Der Dichterphilosoph Rudolf Maria Holzapfel. Seine Gedankenwelt und seine Persönlichkeit. Eine philosophische Studie (Diss. Breslau 1935). Heim-Verlag Adolf Dreßler, Radolfzell 1935
Monika Meyer-Holzapfel: Mensch – Erde – Kosmos. Leben und Werk von Rudolf Maria Holzapfel. Gesellschaft für eine Gesamtkultur, Bern 1981
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