NT Air entstand 1971 durch den Zusammenschluss von Northern Mountain und Thunderbird.
Northern Mountain begann den Flugbetrieb von Fort St. James im Jahr 1959. Bis zu ihrem Zusammenschluss mit Thunderbird entwickelte sie sich zu einer der größten Fluggesellschaften in British Columbia. Mit einer Flotte von Cessna, de Havilland Beaver, Beechcraft 18, Grumman Goose und Hubschraubern betrieb sie ein Netz von Verbindungen im Norden Kanadas. Nach dem Zusammenschluss mit Thunderbird, konzentrierte sich Northern Mountain bis zum Jahr 2000 auf den Betrieb der Hubschrauberflotte.
Thunderbird begann den Betrieb in den frühen 1960er Jahren, als der „Busch-Betrieb“ der Pacific Western Airlines aus Prince George übernommen wurde. Von der Basis Tabor Lake wurden mit einer Flotte von Cessnas, Beavers und Ottern in Schwimmer- oder Kufenausführung Flüge nach Mackenzie, nördlichen Gemeinden und Jagd- und Fischercamps am Williston Lake durchgeführt. In den frühen 1970er Jahren sicherte sich Thunderbird einen Vertrag als Zubringer mit PWA und führte Flüge von den kleineren Gemeinden zu den PWA-Drehkreuzen Prince George, Kamloops und Kelowna durch. Um den Vertrag zu erfüllen, entstand der Bedarf nach einem Hangar am Prince George Airport, was schließlich zum Zusammenschluss mit Northern Mountain führte.
Am 14. Januar 1977 wurde eine de Havilland Canada DHC-6-300 Twin Otter der Northern Thunderbird Air (C-GNTB) mit drei Mann Besatzung und neun Passagieren an Bord unterwegs vom Flughafen Prince George im Anflug auf den Flughafen Terrace-Kitimat während eines Schneesturms in einen Hügel geflogen. Durch diesen CFIT (Controlled flight into terrain) wurden alle 12 Insassen getötet, drei Besatzungsmitglieder und 9 Passagiere.[5]
Am 27. Oktober 2011 verunglückte eine Beechcraft 100 King Air der Northern Thunderbird Air (C-GXRX) mit zwei Mann Besatzung und sieben Passagieren an Bord unterwegs von Vancouver nach Kelowna. Kurz nach dem Start in Vancouver gab es Probleme mit dem linken Motor und die Besatzung versuchte nach Vancouver zurückzukehren. Unmittelbar vor der Landung drehte das Flugzeug plötzlich nach links und stürzte ab. Am Boden kollidierte es mit einem Fahrzeug und ein Feuer brach aus. Alle konnten gerettet werden, aber die Besatzung starb später an den Folgen des Absturzes.[7]