Von 1991 bis 1992 war Schmidt Research Associate am Department of the History of Health Sciences an der University of California, San Francisco, von 1992 bis 2005 Lehrbeauftragter und von 2005 bis 2013 Privatdozent für Geschichte der Medizin an der LMU München. Seit 1988 mit dem Institut für Geschichte der Medizin als freier Mitarbeiter affiliert, wirkte er dort von 2007 bis 2011 als wissenschaftlicher Mitarbeiter. Seit der Umbenennung und Neuausrichtung des Instituts[4] ist er freier wissenschaftlicher Mitarbeiter am Institut für Ethik, Geschichte und Theorie der Medizin an der Medizinischen Fakultät der LMU München, wo er seit 2013 als Professor für Geschichte der Medizin tätig ist.[5]
Schmidts universitäre Lehrveranstaltungen decken exemplarisch ein weites Spektrum der Geschichte und Theorie der Medizin ab, von der Heilkunde der alten Hochkulturen bis zur Medizin des 20. Jahrhunderts, von anthropologischen und erkenntnistheoretischen Grundfragen bis zu sozioökonomischen Perspektiven moderner Medizinkritik.[6] Bei seinen Vorträgen auf internationalen Kongressen im In- und Ausland[7] sowie in den von ihm jährlich durchgeführten Köthener Sommerkursen Homöopathiegeschichte[8] liegt der thematische Schwerpunkt auf der Geschichte und Theorie der Homöopathie,[9][10][11][12] da Schmidt zufolge der wissenschaftliche Disput um diese umstrittene Heilmethode besonders geeignet ist, das Verhältnis von Philosophie und Medizin wissenschaftlich zu entfalten.[13][14]
Schmidts These besteht darin, dass eine komplexe, vielschichtige und Jahrhunderte alte Heilmethode wie die Homöopathie nur durch einen multidimensionalen, polyperspektivischen Ansatz adäquat in ihren vielfältigen Bezügen erfasst werden kann, wozu es – über die Naturwissenschaften hinaus – der Geistes-, Geschichts-, Sozial- und Kulturwissenschaften bedarf.[15][16] Auf diese Weise führe die konsequente wissenschaftliche Beschäftigung mit einer historisch gewachsenen und vielfach bewährten komplementären Heilkunst unweigerlich zu einer Erweiterung des Horizontes, von dem aus Fragen wie „Was ist Medizin?“, „Was ist Gesundheit bzw. Heilung?“ oder „Was ist der Mensch?“ neu zu stellen und zu bedenken seien.[17][18][19]
Die philosophischen Vorstellungen Samuel Hahnemanns bei der Begründung der Homöopathie (bis zum Organon der rationellen Heilkunde, 1810). Sonntag-Verlag, München 1990, ISBN 3-87758-072-6 (PDF; 69 MB).
Taschenatlas Homöopathie in Wort und Bild. Grundlagen, Methodik und Geschichte. Haug-Verlag, Heidelberg 2001, ISBN 3-8304-7089-4 (PDF; 29 MB).[21]
Die Entstehung, Verbreitung und Entwicklung von Heilsystemen als Gegenstand der Medizingeschichte – am Beispiel der Homöopathie. In: Sudhoffs Archiv. Band 91, Nr. 1, 2007, S. 38–72. PMID 17564158 (PDF; 7 MB).
Homöopathie und Homöostase. In: Welt im Fluss. Fallstudien zum Modell der Homöostase. Hrsg. von Jörg Martin, Jörg Hardy und Stephan Cartier. Franz Steiner Verlag, Stuttgart 2008, S. 143–161 (PDF; 2 MB).
Medizintheoretische und wissenschaftshistorische Perspektiven einer Revision der Materia medica homoeopathica. In: Schweizerische Zeitschrift für Ganzheitsmedizin. Band 22, Nr. 4, 2010, S. 232–238, doi:10.1159/000317193 (PDF; 657 kB).
Samuel Hahnemann und das Ähnlichkeits-Prinzip. In: Medizin, Gesellschaft und Geschichte. Band 29, 2011 2010, S. 151–184. PMID 21796902 (PDF; 6 MB).
Hahnemanns Homöopathie zwischen rationaler Heilkunde und Heilkunst. In: Schweizerische Zeitschrift für Ganzheitsmedizin. Band 23, Nr. 4, 2011, S. 224–232, doi:10.1159/000330190 (PDF; 304 kB).
Zur Relevanz wissenschafts-, medizin- und sozialgeschichtlicher Grundlagenforschung. In: Schweizerische Zeitschrift für Ganzheitsmedizin. Band 25, Nr. 4, 2013, S. 231–240, doi:10.1159/000353925 (PDF; 310 kB).
Die Homöopathie als therapeutische Handlungswissenschaft sui generis – Eine humanwissenschaftliche Argumentation. In: Zeitschrift für Klassische Homöopathie. Band 59, Nr. 4, 2015, S. 180–186, doi:10.1055/s-0041-108543 (PDF; 3 MB).
Polyperspektivität in der Medizin: Dilemma oder Chance? Zur Ganzheitlichkeit der Homöopathie Hahnemanns. In: Schweizerische Zeitschrift für Ganzheitsmedizin. Band 29, Nr. 6, 2017, S. 376–384, doi:10.1159/000481676 (PDF; 99 kB).
Gesundheit als Leitbegriff. In: Wandel der Gesundheits- und Krankheitsvorstellungen. Hrsg. von Elmar Brähler, Hans-Wolfgang Hoefert, Christoph Klotter. Pabst Science Publishers, Lengerich 2018, S. 44–56 (PDF; 453 kB).
Logos-Rationalität und die vergessenen Dimensionen der Homöopathie. In: Allgemeine homöopathische Zeitung. Band 269, Nr. 5, 2024, S. 10–16, doi:10.1055/a-2363-7820 ([1])
↑Vorträge von Josef M. Schmidt in Deutschland, in der Schweiz, in Österreich, Italien, Spanien, England, den Niederlanden, Schweden, Lettland, Polen, Russland, der Türkei, den USA, Mexiko, Ecuador, Kolumbien, Brasilien, Argentinien, Südafrika, Indien und Japan.