Die Japan Football League 2009 war die elfte Spielzeit der japanischen Japan Football League. An ihr nahmen achtzehn Vereine teil. Die Saison begann am 15. März und endete am 29. November 2009.
Die Vereine trugen ein einfaches Doppelrundenturnier aus. Für einen Sieg gab es drei Punkte; bei einem Unentschieden erhielt jede Mannschaft einen Zähler. Die Tabelle wurde also nach den folgenden Kriterien erstellt:
Die beiden schlechtesten Mannschaften sollten ursprünglich direkt in die Regionalligen absteigen, zudem waren für den Sechzehnten Relegationsspiele gegen den Drittplatzierten der Regionalligen-Finalrunde vorgesehen. Durch den Aufstieg von New Wave Kitakyūshū in die J. League stieg jedoch nur der Tabellenletzte direkt ab und der Vorletzte nahm an den Relegationsspielen teil.
Vor Beginn dieser Saison erhielten die beiden Aufsteiger aus Machida und Nagasaki zudem den Status eines außerordentlichen J.-League-Mitglieds. Die Anzahl der außerordentlichen Mitglieder in der Liga verringerte sich somit wieder um ein Team auf insgesamt vier Mannschaften, wobei Gainare Tottori und New Wave Kitakyūshū die anderen Vereine mit diesem Status waren.
Direkter Absteiger aus der Japan Football League, Rückzug in die Präfekturliga Okayama: Mitsubishi Motors Mizushima FC
(N)
Aufsteiger aus der Regionalliga 2008: FC Machida Zelvia, V-Varen Nagasaki, Honda Lock SC
Relegation
Nach Ende der Saison fanden kurz vor dem Jahreswechsel die Relegationsspiele zwischen einem Teilnehmer der Japan Football League und einer Mannschaft der Regionalliga-Finalrunde statt. Die ursprüngliche Planung sah vor, dass der Sechzehnte gegen den Finalrunden-Dritten antreten sollte; nach dem Aufstieg von New Wave Kitakyūshū in die J. League wurde der Sechzehnte FC Ryūkyū jedoch verschont und der eigentlich direkt abgestiegene Siebzehnte FC Kariya als JFL-Teilnehmer benannt. Als Gegner der Mannschaft aus der Präfektur Aichi qualifizierte sich Zweigen Kanazawa für die beiden Spiele.
Das Hinspiel in Kanazawa endete mit einem knappen 1:0 für die klassentiefere Mannschaft, sodass Kariya im Rückspiel unbedingt gewinnen musste, um dem Abstieg zu entgehen. Dort erreichte das JFL-Gründungsmitglied jedoch nur ein 1:1.