Die Japan Football League 2000 war die zweite Spielzeit der japanischen Japan Football League. An ihr nahmen zwölf Vereine teil. Die Saison begann am 16. April und endete am 12. November 2000. Yokohama FC konnte seinen Titel erfolgreich verteidigen und wurde nach Ende der Saison in die J. League Division 2 2001 aufgenommen.
Im Verlauf der Saison spielten die Vereine ein einfaches Doppelrundenturnier gegeneinander. Bei Gleichstand nach 90 Minuten wurde die Spielzeit um zweimal fünfzehn Minuten verlängert, wobei die Golden-Goal-Regel zur Anwendung kam. Stand es danach immer noch unentschieden, wurde das Spiel als solches gewertet.
Für einen Sieg nach regulärer Spielzeit gab es drei, für einen Sieg in der Verlängerung zwei Punkte; bei einem Unentschieden gab es für jede Mannschaft einen Zähler. Die Tabelle einer jeden Halbserie wurde also nach den folgenden Kriterien erstellt:
Anzahl der erzielten Punkte
Tordifferenz
Erzielte Tore
Ergebnisse der Spiele untereinander
Entscheidungsspiel oder Münzwurf
Es war kein Abstieg in die Regionalliga vorgesehen. Für den Aufstieg in die J. League Division 2 2001 kamen nur Vereine in Frage, die sportliche und wirtschaftliche Kriterien erfüllten und einer finalen Überprüfung durch die J. League standhielten.
Teilnehmer
Insgesamt nahmen zwölf Mannschaften an der Saison teil. Unter diesen befanden sich nach der Aufnahme von Mito HollyHock am Ende der vorherigen Spielzeit gleich vier neue Vereine. Zwei von ihnen, ALO's Hokuriku und Tochigi SC, qualifizierten sich dabei über die Regionalliga-Finalrunde auf sportlichen Wege, die übrigen beiden Mannschaften wurden auf Empfehlung ihrer jeweiligen Fachverbände in die Liga aufgenommen. Der Amateurfußballverband schlug FC KYOKEN vor, über den Universitätsfußballverband erhielt Shizuoka Sangyō University SC Zugang zur Liga.
In weiteren Änderungen passte Jatco FC aufgrund einer Namensänderung seines Trägerbetriebes seine Vereinsbezeichnung entsprechend an, der neue Name lautete Jatco TT FC.
