Er gehört dem Südbadischen Fußball-Verband (SBFV) an. Die erste Frauenmannschaft ist das erfolgreichste Team des Vereins und spielte von 2011 bis 2017 und 2018 bis 2020 in der Regionalliga Süd, nahm zwölfmal am DFB-Pokal teil und erreichte dabei fünfmal die 2. Runde.
Der Verein entstand im Jahre 2007 durch die Fusion des VfR Engen mit dem FC Welschingen-Binningen. Letzterer Stammverein entstand wiederum durch eine Fusion des SV Welschingen mit dem SV Binningen. Der Vereinsname ist von der nordwestlich des Bodensees gelegenen Region Hegau entnommen, wo Engen inklusive Stadtteil Welschingen und das zu Hilzingen gehörige Binningen zu finden sind. Erfolgreichster Stammverein war der VfR Engen, der im Jahre 1977 erstmals eine Frauenmannschaft meldete.
Frauenfußball
Im Jahre 2002 gelang der Frauenmannschaft erstmals der Aufstieg in die damals drittklassige Oberliga Baden-Württemberg. Nach dem Abstieg zwei Jahre später gelang der direkte Wiederaufstieg. Im Jahre 2006 gewann die Mannschaft den Südbadischen Pokal und qualifizierte sich erstmals für den DFB-Pokal. Dort verpasste der VfR nur knapp eine Überraschung, da sich in der ersten Runde der ZweitligistKarlsruher SC erst im Elfmeterschießen durchsetzten konnte. Der VfR Engen qualifizierte sich am Ende der Saison 2006/07 für die wieder eingeführte Regionalliga Süd.
Mittlerweile als Hegauer FV spielend stieg die Mannschaft auf Anhieb wieder ab. Nach zwei Vizemeisterschaften in der Oberliga Baden-Württemberg hinter der TSG 1899 Hoffenheim bzw. der zweiten Mannschaft des SC Freiburg gelang im Jahre 2011 der Wiederaufstieg in die Regionalliga Süd. Weiterhin gewann die Mannschaft noch achtmal, davon 2006 und 2007 als VfR Engen, den Südbadischen Pokal.
In der Saison 2014/15 schaffte man erstmals den Einzug in die 2. Runde des DFB-Pokals durch einen 3:1-Erfolg gegen den Aufsteiger der Regionalliga West in die 2. Bundesliga, Alemannia Aachen. Dort traf man mit Bayer 04 Leverkusen zum ersten Mal auf einen Bundesligisten. Man verlor diese Partie vor 526 Zuschauern mit 0:6.
Nach dem Abstieg in der Saison 2016/17 gelang der sofortige Wiederaufstieg in die Regionalliga Süd bereits einen Spieltag vor Saisonende.
Die B-Juniorinnen U-17 spielten in der Saison 2010/11 und seit der Saison 2012/13 in der Oberliga Baden-Württemberg (2. Liga).
Männerfußball
Die erste Männermannschaft des Hegauer FV spielt in der Landesliga Südbaden. Die Junioren des Vereines brachten mit Oliver Sorg einen Bundesligaspieler hervor.
