Naujokat war nach dem Studium psychologischer, pädagogischer und sozialethischer Themen zunächst Jugendleiter und -schöffe in Frankfurt am Main. Danach studierte er Evangelische Theologie in Marburg und nach seiner Ordination 1968/1969 Gemeindepastor in Rottenburg an der Laaber.[2] Von 1969 bis zu seinem Ruhestand im Jahr 1999 war er Generalsekretär des Weißen Kreuzes. In seine Amtszeit fallen der Bau der neuen Verwaltungszentrale des Weißen Kreuzes mit Tagungszentrum in Ahnatal und die Gründung einer staatlich anerkannten bundesweiten Schwangerschaftskonfliktberatungs- und Adoptionsvermittlungszentrale.[3] Für das Weiße Kreuz hatte er zahlreiche Bücher verfasst, die Quartalszeitschrift Sexualethik und Seelsorge gegründet, sowie Verlag und wissenschaftlichen Beirat ins Leben gerufen.[4]
Naujokat forderte die Einführung einer „Rentnerehe“ für verwitwete Christen, da ältere Menschen wegen des drohenden Verlusts von Rentenansprüchen nicht in „wilde“ Partnerschaften gedrängt werden dürften.[5] Im Vorfeld zur Neufassung des[6]Personenstandsgesetzes, die 2009 in Kraft trat, sorgte dies für einigen Widerspruch,[7] auch bei den Kirchenleitungen.[8][9]
In seinem Ruhestand übernahm er 2005 die Schriftleitung der „Richtung. Zeitschrift zur Orientierung des Lebens“ (zuvor „Philadelphia – Kreuz und Reich“), einer Monatsschrift des Philadelphia-Verlags, Waiblingen.[10]
Chancen in der Ehekrise: Hilfe bei sexuellen Konflikten. SCM-Verlag, 1996, ISBN 3-7751-2597-3.
Alleinstehend?!: die Single- und Scheidungsgesellschaft; Ursachen – Merkmale – Hilfestellung. SCM-Verlag, 1996, ISBN 3-7751-2372-5.
Leitlinien zur Lebensgestaltung: eine geistliche Orientierung für die Gemeinde- und Jugendarbeit; Thesen und Erläuterungen. SCM-Verlag, 1997, ISBN 978-3-878930877.
Deine Hände haben mich bereitet: der menschliche Körper – ein Wunder Gottes. SCM-Verlag, 1998, ISBN 3-7751-9147-X.
Wider den Zeitgeist: Plädoyer für ein realistisches Christentum. CLV-Verlag, 2000, ISBN 978-3-893974320.
Welt ohne Werte?: Maßstäbe des Göttlichen, Grenzen des Menschlichen. Verlag Weisses Kreuz, 1980, ISBN 3-87893-033-X.
Sorge um die Seele: erkennen, helfen, vergeben. Verlag Weisses Kreuz, 1980, ISBN 3-87893-035-6.
Aufbruch zum Leben: zwischen Vereinsamung und Gemeinschaft. Verlag Weisses Kreuz, 1980, ISBN 3-87893-034-8.
Noch allein? Wieder allein?: Ledig – verwitwet – geschieden. Verlag Weisses Kreuz, 1990, ISBN 3-87893-067-4.
Persönlichkeiten der Bibel zeitlos aktuell: die herausfordernde Auswahl. SCM-Verlag, 2001, ISBN 3-7751-3776-9.
Der Mensch hat seine Zeit: Bedenkenswertes über Phasen und Fakten des Lebens. SCM-Verlag, 2001, ISBN 3-7751-3769-6.
als Mitautor
mit Reinhard Mumm und Paul Römhild: Vom Sinn geschlechtlicher Partnerschaft: eine geistliche Wegweisung zum Problem der Homosexualität. Verlag Weisses Kreuz, 1976, ISBN 3-87893-009-7.
mit Ulrich Beer: Führen in Deutschland: Massenpsychologie zwischen Manipulation und menschlicher Verantwortung. Brendow, 1986, ISBN 3-87067-297-8.