Bernhard Woytek ist ein Sohn des österreichischen Klassischen Philologen Erich Woytek.[2] Er studierte ab 1992 Alte Geschichte und Altertumskunde sowie Numismatik an der Universität Wien. Sein Doktoratsstudium schloss er mit Forschungen über die römische Finanzgeschichte und Münzprägung der Jahre 49 bis 42 v. Chr. ab. Nach der Promotionsub auspiciis praesidentis rei publicae am 12. März 2002 zum Doktor der Philosophie wurde Woytek mit einer grundlegenden Arbeit zur Reichsprägung Kaiser Trajanshabilitiert und erhielt 2009 an der Universität Wien die Lehrbefugnis(venia docendi) als Privatdozent für das Fach „Numismatik und Geldgeschichte“.
2009 wurde er zum Fellow der Society of Antiquaries of London gewählt. 2013 erfolgte die Wahl zum korrespondierenden Mitglied im Inland der philosophisch-historischen Klasse der Österreichischen Akademie der Wissenschaften, 2019 die Wahl zum korrespondierenden Mitglied des Deutschen Archäologischen Instituts.
Arma et nummi. Forschungen zur römischen Finanzgeschichte und Münzprägung der Jahre 49 bis 42 v. Chr., Wien 2003 (Denkschriften der phil.-hist. Klasse der Österreichischen Akademie der Wissenschaften 312, Veröffentlichungen der Numismatischen Kommission 40 = Veröffentlichungen der Kleinasiatischen Kommission 14). 632pp., 12 Tafeln. ISBN 978-3-7001-3159-5
Die Reichsprägung des Kaisers Traianus (98–117). Moneta Imperii Romani 14, Wien 2010 (Denkschriften der phil.-hist. Klasse der Österreichischen Akademie der Wissenschaften 387, Veröffentlichungen der Numismatischen Kommission 48). 2 Bde., zusammen X+682pp. sowie IX+156 Tafeln. Print-Edition: ISBN 978-3-7001-6565-1 / Online-Edition: ISBN 978-3-7001-7015-0
Numismatik und Geldgeschichte im Zeitalter der Aufklärung. Beiträge zum Symposium im Residenzschloss Dresden, 4.‒9. Mai 2009 (= Numismatische Zeitschrift, Band 120/121), Wien 2015 (Hrsg., gemeinsam mit H. Winter). 618pp.
Infrastructure and Distribution in Ancient Economies. Proceedings of a conference held at the Austrian Academy of Sciences, 28‒31 October 2014. Denkschriften der phil.-hist. Klasse der Österreichischen Akademie der Wissenschaften 506, Wien 2018 (Hrsg.). 534pp. ISBN 978-3-7001-8108-8 (englisch)