Das ÖAI wurde 1898 gegründet; erster Direktor wurde der Wiener Archäologieprofessor Otto Benndorf. Wichtigste Aufgabe des Instituts in seiner Anfangszeit waren die bereits 1895 von Benndorf begonnenen Ausgrabungen in Ephesos. Daneben unterhielt es Zweigstellen in Konstantinopel (kurzfristig), Smyrna und Athen, wo unter anderem Josef Keil und Adolf Wilhelm wirkten. Grabungen wurden an verschiedenen Orten auf der Peloponnes durchgeführt, in Österreich selbst vor allem in Carnuntum, das zusammen mit Ephesos ein ständiges Zentrum der Arbeit des Instituts blieb.
Nach dem Ersten Weltkrieg musste das ÖAI seine Tätigkeiten einschränken. Die Zweigstelle in Smyrna wurde aufgegeben, das Institut selbst 1935 der Philosophischen Fakultät der Universität Wien angegliedert. Nach dem Anschluss Österreichs an Deutschland 1938 wurde das ÖAI zur „Abteilung Wien“ des Deutschen Archäologischen Instituts.
Auch nach 1945 blieb es zunächst bei der Zuordnung zur Universität Wien. Die Aktivitäten konnten in den Nachkriegsjahren ausgebaut werden (Grabungen am Magdalensberg in Kärnten ab 1948, Wiederaufnahme der Grabungen in Ephesos 1955). Die Zweigstelle in Athen wurde 1964 wieder eröffnet, eine neue in Kairo kam 1973 hinzu.
1981 wurde das ÖAI wieder zu einer eigenständigen, dem Wissenschaftsministerium unterstellten Forschungseinrichtung. Als außeruniversitäre Forschungseinrichtung, die der österreichischen Bundesverwaltung unterstand, war das ÖAI beispielsweise mit dem Deutschen Archäologischen Institut vergleichbar. Mit 1. Jänner 2016 verlor es diese Stellung wieder und wurde organisatorisch in die Österreichische Akademie der Wissenschaften (ÖAW) eingegliedert.[1][2]
Ägypten und Levante/Egypt and the Levant[5]. Internationale Zeitschrift für ägyptische Archäologie und deren Nachbargebiete / International Journal for Egyptian Archaeology and Related Disciplines. ISSN1015-5104
Archaeologia Austriaca[6]. Zeitschrift zur Archäologie Europas / Journal on the Archaeology of Europe. ISSN0003-8008 sowie ISSN1816-2959 (online)
Carnuntum Jahrbuch[7]. Zeitschrift für Archäologie und Kulturgeschichte des Donauraumes. ISSN1025-2320 sowie ISSN1728-015X (online)
Jahreshefte des Österreichischen Archäologischen Institutes in Wien[8] (abgekürzt ÖJh, seltener JÖAI). Bis Jahrgang 2007 gemeinsam mit dem Jahresbericht des Österreichischen Archäologischen Instituts (s. u.) veröffentlicht. Die Zeitschrift erschien bis Jahrgang 2009 im Verlag der Österreichischen Akademie der Wissenschaften Wien, seit 2010 erscheinen die Jahreshefte im Verlag Holzhausen ISSN2309-1207.
Wiener Studien[9]. Zeitschrift für Klassische Philologie, Patristik und Lateinische Tradition. ISSN0084-005X sowie ISSN1813-3924 (online)
Mykenische Studien[24], zuvor (bis 2013) auch „Veröffentlichungen der Kommission für mykenische Forschung“ und „Veröffentlichungen der Mykenischen Kommission“