1549 bis 1560 studierte er in Basel, Tübingen, Padua, Bologna (1555), Rom, Neapel und Bourges. In Speyer durfte er ein juristisches Praktikum absolvieren. Er war als Lehrer und Rechtskonsulent tätig. Ab 1561 war er Professor an der Universität Basel und wurde gleich Rektor; dieses Amt vertrat er dann noch drei weitere Male (1566, 1580 und 1588). Ferner baute er das sogenannte Amerbach-Kabinett, eine Wunderkammer, auf und erteilte in diesem Zusammenhang unter anderem Aufträge an den Kunstmaler Hans Bock den Älteren. Brieflichen Kontakt unterhielt er unter anderem mit Johann Jakob Rüeger, Adolf Occo und mit seinem Freund Felix Platter.[1]
Von ihm stammen handschriftliche Dissertationen und eine Briefsammlung. Als einer der ersten befasste er sich mit der Archäologie der nahe Basel gelegenen römischen Stadt Augusta Raurica und erforschte die Überreste des dortigen Theaters.[2] Gedruckte Schriften sind von ihm keine bekannt. Er war mit Esther Rüdin verheiratet; sein Sohn Bonifaciolus starb im Alter von vier Monaten.
Die Amerbachkorrespondenz. Bearbeitet und herausgegeben im Auftrag der Kommission für die Öffentliche Bibliothek der Universität Basel von Alfred Hartmann, [ab Bd. 6] auf Grund des von Alfred Hartmann gesammelten Materials bearbeitet und herausgegeben von Beat Rudolf Jenny u. a. 11 Bände, Verlag der Universitätsbibliothek, Basel 1942–2010, ISBN 978-3-7965-1846-1, ISBN 978-3-7965-1037-3.
Elisabeth Landolt (Hrsg.): Beiträge zu Basilius Amerbach. Basel Öffentliche Kunstsammlung 1991.
↑Thomas Hufschmid, Barbara Pfäffli (Hrsg.): Wiederentdeckt! Basilius Amerbach erforscht das Theater von Augusta Raurica (= Publikationen der Universitätsbibliothek Basel. Band 42). Schwabe Verlag, Basel 2015, ISBN 978-3-7965-3506-2.