Für die Qualifikation zu diesem Wettbewerb waren die Ergebnisse in der Hinrunde der Basketball-Bundesliga 2012/13 entscheidend. Als Neuerung wurde eingeführt, dass die Bundesliga-Hinrundenspiele des Final-Four-Gastgebers nicht für Qualifikation zählen sollten, weshalb eine eigene Pokaltabelle eingeführt wurde, in der diese Spiele keine Berücksichtigung fanden.[1] Neben dem automatisch qualifizierten Gastgeber waren die zusätzlich sechs bestplatzierten Mannschaften dieser Pokaltabelle qualifiziert. Die Paarungen wurden per Losverfahren bestimmt, welches auch über das Heimrecht in der Qualifikationsrunde entschied. Der Sieger beziehungsweise das Weiterkommen im Wettbewerb wurde im K.-o.-System innerhalb eines regulären Basketballspiels ermittelt.
Während Gastgeber ALBA Berlin, Titelverteidiger und Double-Gewinner des Vorjahres brose baskets und die EWE Baskets Oldenburg bisher an allen drei Austragungen teilgenommen hatten, konnten sich neben ratiopharm ulm und den Artland Dragons der FC Bayern München und der TBB Trier erstmals für diesen Wettbewerb qualifizieren.[2] In der Qualifikationsrunde für das Top Four-Wochenende vom 23. bis 24. März 2013 in der O2 World Berlin verlor Titelverteidiger brose baskets zuhause gegen Bayern München, weshalb es in diesem Wettbewerb erstmals einen neuen Titelgewinner geben wird.[3]
Nicht eingesetzt, aber Mitglieder des Kaders waren Sebastian Fülle, Steven Monse und Joey Ney sowie Albert Miralles und die verletzten Vule Avdalović und Nathan Peavy.