Bei Batsch, der in der Stadtschule unterrichtet wurde, später dann Privatunterricht hatte, zeigte sich schon früh die Neigung zu den Naturwissenschaften, besonders zur Botanik. 1772 begann er das Studium der Medizin und Naturgeschichte an der Universität Jena, wo er 1781 zum Dr. phil. promoviert wurde. Von 1782 bis 1783 wirkte er als Privatdozent für Botanik und Zoologie an der Universität Jena und war 1784 bis 1786 Verwalter der Gräflich Reuß-Plauischen Naturaliensammlung in Köstritz.
In seinem Werk Elenchus fungorum…, das drei Bände umfasst, sind ca. 200 Pilzarten beschrieben und auf kolorierten Tafeln dargestellt. Da oft recht genaue Fundortangaben gemacht werden, hat die Arbeit nicht nur Bedeutung für die Pilzsystematik, sondern auch für die Floristik der Pilze.
Naturgeschichte der Bandwurmgattung überhaupt und ihrer Arten insbesondere, nach den neuern Beobachtungen in einem systematischen Auszuge verfasst. J. J. Gebauer, Halle 1786, 298 S., Digitalisat Online beim Göttinger Digitalisierungszentrum.
Dissertatio inauguralis botanica sistens dispositionem generum plantarum Jenensium secundum Linnaeum et familias naturales… Jenae 1786, OCLC12212757 (Dissertation).
Versuch einer Anleitung zur Kenntniß und Geschichte der Pflanzen: für academische Vorlesungen entworfen und mit den nöthigsten Abbildungen versehen. 1, Allgemeine Einleitung. Kenntniß des Pflanzenkörpers, seiner Theile und seines Lebens. Wissenschaftliche Behandlung… Gebauer, Halle 1787, urn:nbn:de:bvb:12-bsb10300964-0.
Versuch einer Anleitung zur Kenntniß und Geschichte der Pflanzen: für academische Vorlesungen entworfen und mit den nöthigsten Abbildungen versehen. 2, Merkwürdige Arten der Gewächse nach ihren Aehnlichkeiten geordnet. Anbau und Benutzung. Gebauer, Halle 1788, doi:10.5962/bhl.title.46561.
Versuch einer Anleitung, zur Kenntniß und Geschichte der Thiere und Mineralien. 1, Allgemeine Geschichte der Natur; besondre der Säugthiere, Vögel, Amphibien und Fische. Akademische Buchhandlung, Jena 1788, doi:10.5962/bhl.title.79854.
Versuch einer Anleitung, zur Kenntniß und Geschichte der Thiere und Mineralien. 2, Besondre Geschichte der Insekten, Gewürme und Mineralien. Akademische Buchhandlung, Jena 1789, urn:nbn:de:bvb:12-bsb10074787-9.
Ilse Jahn: Zur Gründungs- und Entwicklungsgeschichte der Jenaer Botanischen Gärten (von 1586 bis 1864). In: Wissenschaftliche Zeitschrift der Friedrich-Schiller-Universität Jena. Naturwissenschaftliche Reihe. 37. Jg. Heft 1, 1988, S. 17–25.
Igor J. Polianski: Die Kunst, die Natur vorzustellen, Die Ästhetisierung der Pflanzenkunde um 1800 und Goethes Gründung des botanischen Gartens zu Jena im Spannungsfeld kunsttheoretischer und botanischer Diskussionen der Zeit. Walther König, Jena/Köln 2004, ISBN 3-88375-867-1.
Igor J. Polianski: Natursystem, Systemästhetik und das Überleben der Physikotheologie. Eine Jenaer Botanikgeschichte um 1800. In: Reinhard Wegner (Hrsg.): Kunst – Die andere Natur. Göttingen 2004, S. 125–172, ISBN 978-3-525-47500-3.
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Lotte Burkhardt: Verzeichnis eponymischer Pflanzennamen. Erweiterte Edition. Botanic Garden and Botanical Museum Berlin, Freie Universität Berlin, Berlin 2018. [1]
