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Mit der Übernahme der Leitung des Belvedere in Wien 2007 durch Agnes Husslein wurde Weidinger Vizedirektor und Prokurist des Museums Österreichische Galerie Belvedere. In der Funktion des Kurators für die Kunst der Moderne war er zudem für die Organisation von Ausstellungen im In- und Ausland verantwortlich. Bis zum Ende der Amtszeit von Agnes Husslein 2016 organisierte er die fünf besucherstärksten Ausstellungen des Belvedere und des 21er-Hauses. Nach dem Geschäftsführerwechsel im Januar 2017 war Weidinger Kurator für die klassische Moderne sowie Leiter des von ihm gegründeten Research Centers des Belvedere.
Seit 1980 bereist er als freier Dokumentarfotograf Afrika und nimmt Porträtserien auf. Er fotografiert sowohl digital als auch mit Film, bevorzugt dabei Schwarz/Weiß. Sein aktuellstes Projekt war eine 3-teilige Fernseh-Dokumentation über die Könige und Stammesfürsten Afrikas. Zur 70. Wiederkehr des Datums des Massaker von Rechnitz schrieb er 2014 das Drehbuch für den Dokumentarfilm „Árpád und Géza“.
Seine Forschungsschwerpunkte sind bildende und angewandte Kunst sowie Fotografie des 20. und 21. Jahrhunderts; zudem beschäftigt er sich intensiv mit neuen Medien. Als Museumsmanager berät er international Museen.
Weidinger wurde mit März 2020 neuer wissenschaftlicher und kaufmännischer Direktor der Oberösterreichischen Landesmuseum in Linz.[3] Zur möglichen Wiederverlängerung 2023 wurde Kritik geäußert.[4][5] Zugleich wird Weidingers Wirken als umfassend und progressiv besprochen: „Unter seiner Führung entfaltete sich u. a. das neue Kulturformat communale, das Marmorschlössl Bad Ischl bekam pfiffigere Ausstellungen, das Keramiksymposion im Kooperation mit Gmunder Keramik wurde auf ein internationales Parkett gestellt und vieles mehr.“[6]
Mona Horncastle, Alfred Weidinger: Klimts explizite Erotik. In: Klimt & Shunga. Explizit Erotisches aus Wien und Japan. Buchheim, Bernried 2016, ISBN 978-3-7659-1090-6
Fritz Wotruba – Einfachheit und Harmonie. Skulpturen und Zeichnungen aus der Zeit von 1927-1949. Verlag der Provinz, Weitra 2007, ISBN 978-3-85252-835-9
(Hrsg.): Die Thermopylen. Oskar Kokoschka - ein großer Europäer. [Albertina temporär im Akademiehof 22. Juli bis 26. September 1998]. Wien 1998, ISBN 3-900656-41-X
Oskar Kokoschka. Dreaming Boy, Enfant Terrible. Oskar Kokoschka at the Vienna School of Applied Art. Oslo/Helsinki 1997