El seu pare, Thomas Cruise Mapother III, era enginyer elèctric, i la seva mare, Mary Lee, era professora. La família va viure a molts llocs, a causa de la inestabilitat laboral del seu pare, però finalment s'instal·len a Ottawa, Canadà. De nen, tenia passió per a l'esport, i en feia molt: bàsquet, futbol, lluita, hoquei, beisbol... Té tres germanes: Mary Lee, Marian i Cass. Quan tenia 12 anys, els seus pares es van divorciar. Mary, la seva mare, se'n va del Canadà, i s'instal·la amb els seus quatre fills a Kentucky.
Als 15 anys, Tom Cruise no estava predestinat a ser actor. En efecte, després d'un any passat en un monestirfranciscà, està a punt per entrar a l'orde. A l'institut, descobreix l'ofici d'actor fent obres com Godspell, després d'haver estat obligat a deixar la lluita per una ferida important, obligant-lo així a triar una activitat menys física. Desembarca a Nova York el 1980 als 18 anys, i el 1981 fa la primera aparició a Endless Love de Franco Zeffirelli, començant així la seva carrera cinematogràfica. El mateix any fa el paper d'un jove militar a Més enllà de l'honor de Harold Becker.
Els tres anys següents són decisius: Francis Ford Coppola el col·loca primer de tot, enmig d'una generació de joves actors de futur prometedor a Rebels. Després apareix a tres pel·lícules més, entre les quals Risky Business. El 1985, Ridley Scott li dona el paper d'heroi de fantasia a Legend. Finalment és amb el germà d'en Ridley, Tony Scott, que Tom Cruise es fa famós.
El 1992, s'associa amb la seva agent Paula Wagner, i agafa la gorra de productor de cinema per finançar el 1996 Missió: Impossible. Ha produït les tres??? pel·lícules Missió: Impossible, i la pel·lícula d'Amenabar The Others. A l'última pel·lícula de Stanley Kubrick, Eyes Wide Shut, fa parella, en plena crisi sentimental, amb Nicole Kidman. El 2002 treu suc de la seva col·laboració amb Steven Spielberg, a la pel·lícula de ciència-ficcióMinority Report. Després de l'èxit de L'últim samurai el 2004, fa la pel·lícula de suspens de Michael Mann, Collateral (agost del 2004). L'estiu del 2005, surt el segon fruit de la col·laboració Cruise/Spielberg, La guerra dels mons,[1] abans de fer Missió: Impossible III el 2006.
El 22 d'agost del 2006, l'estudi estatunidenc Paramount posa fi al contracte de Tom Cruise, després de catorze anys de col·laboració. Raó invocada: les ximpleries de l'estrella des de fa un any, que han fet d'ell la riota dels mitjans de comunicació i dels còmics estatunidencs.[2]
Ella vol que deixi la seva passió per les curses de cotxes. La parella no sobreviurà a totes les seves diferències. El 1989, descobreix Nicole Kidman a la pel·lícula Firecars. Però, en aquell temps, encara és casat amb la Mimi Rogers. Una vegada divorciat, Tom Cruise i Nicole Kidman mostren en públic la seva relació. Es casen a Beverly Hills. Ha comprat una vasta vil·la, d'un valor de 35 milions de dòlars, que no té menys de 15 habitacions i 15 cambres de bany.[3]
Des de 1990 la parella és una de les més famoses de Hollywood, i durant un temps van ser el matrimoni més glamurós de la jet set estatunidenca. Se separa, però, al cap d'uns deu anys, 2001. La causa va ser principalment una incompatibilitat religiosa. Volia veure els seus fills adoptats (Isabella i Connor) criats a la tradició catòlica.
Va conèixer Penélope Cruz, durant el rodatge de Vanilla Sky. Comencen a sortir públicament una setmana després de l'oficialització del divorci amb Nicole Kidman. El 2004, anuncia la fi de la seva relació.
A Katie Holmes la va conèixer durant la recerca d'una coprotagonista de la seva pel·lícula Missió: Impossible III. Va ser un amor a primera vista, i des del 2006, Tom Cruise està amb ella. El públic recorda sobretot el seu xou a l'emissió televisada d'Oprah Winfrey, on Tom Cruise, sobreexcitat, parla del seu amor a Holmes, balandrejant-se, agenollant-se, estrenyent les mans de l'Oprah, i saltant sobre el sofà, els braços a l'aire. Grans rialles del públic. Tanmateix, aquesta actuació va ser considerada com el signe d'un estat de desequilibri de l'actor. Allò va donar lloc a un nou terme de l'argot estatunidenc: jumping the couch (que es pot traduir per «saltar el sofà»), designant una vedette que "fa saltar els ploms".[cal citació]
Abans de casar-se amb la Katie Holmes va tindre la seva primera filla biològica: Suri, nascuda el 18 d'abril del 2006. El dissabte 18 de novembre d'aquell any, es casen al castell d'Odescalchi a Bracciano, a 30 km al nord de Roma, segons el ritual de l'Església de la cienciologia. És el tercer matrimoni d'en Tom Cruise, i el primer de la Katie Holmes. La premsa pensa que la parella no és més que un cop mediàtic,[4] per a la promoció de tots dos.
Membre de la cienciologia des de la dècada del 1980, en Tom Cruise ha estat sovint criticat per a la seva actitud proselitista (sobretot des de mitjans de la dècada del 2000), parlant-ne molt i fent-ne l'apologia moltes vegades. Segons el periodista britànic Andrew Morton, autor de Tom Cruise, an unauthorized biography, l'actor hauria arribat a ser el número 2 de la cienciologia, tot i que ho va desmentir el 17 de gener del 2008. El novembre de 2018 el van acusar de danys físics a alguns membres d'aquesta organització.[5]