És el primer que cerca una interpretació de la Reforma mitjançant la història; Flaci i el seu grup d'escriptors anomenats Centuriadors de Magdeburg plantegen el problema en termes històrics. Flaci remarca que la història havia estat desnaturalitzada per l'Església i obri el debat sobre la funció de l'Església antiga i la seua relació amb la de l'època de la Reforma.
Els Centuriadors arriben a considerar, després d'una anàlisi objectiva de la història de les dades cristianes de l'Església primitiva, que la interpretació teològica de la Reforma i la realització eclesial luterana eren les úniques veritables. Amb aquesta interpretació, la Reforma passava de ser una interpretació autèntica del cristianisme a representar l'única Església de Crist.
Catalogus testium veritatis, qui ante nostram aetatem reclamarunt Papae (1556)
Confessio Waldensium (1558)
Konfutationsbuch (1559)
Ecclesiastica historia, integram Ecclesiae Christi ideam ... secundum singulas Centúries, perspicuo ordine complectens ... exvetustissimis historicis ...congesta: Per aliquot studiosos et pios viros in urbs Magdeburgica (1559-1574)
Clavis Scripturae Sacrae seu de Sermone Sacrarum literarum (1567)
Glossa compendiaria in Novum Testamentum (1570)
Bibliografia
Luka Ilić, Theologian of Sense and Grace. The Process of Radicalization in the Theology of Matthias Flacius Illyricus (2014)
Oliver K. Olson, Matthias Flacius and the Survival of Luther's Reform (2000)
Matthias Flacius Illyricus, Leben & Werk: Internationales Symposium, Mannheim, February 1991
G. Kawerau, in Herzog-Hauck’s Realencyklopadie (1899)
W. Preger, M. Flacius Illyricus o. seine Zeit (1859—1861)