شغل بعد تخرجه عدة مناصب أكاديمية في المعهد الوطني للعلوم الفلاحية بتونس، ثم بعد الثورة التونسية في 2011، انضم للاتحاد التونسي للفلاحة والصيد البحري حيث تولى فيه عدة مهام منها أمين المال ونائب الرئيس المكلف بالإنتاج الحيواني.[1]
يعمل عمر الباهي كفلاح أساسا في مجال الزراعات الكبرى والتربية الحيوانية، وقام بإجراء عدة بحوث ودراسات أكاديمية في مجال تخصصه.[1]
