Kereta api merupakan alat transportasi utama di Jepang, terutama untuk menghubungkan kota-kota utama dan alat angkut komuter di kota-kota besar seperti Tokyo dan Osaka. Tujuh buah perusahaan regional kereta api Jepang atau yang disebut Japan Railways, meliputi hampir sebagian besar kota dan desa di Jepang. Selain Japan Railways, terdapat juga perusahaan kereta api swasta, pemerintah daerah, dan patungan swasta dengan pemerintah daerah.
Panjang total rel kereta api di Jepang sekitar 23.670 km, sebagian besar dilengkapi aliran listrik.
Jepang memiliki 1.152.207 km jalan raya, termasuk jalan nasional, jalan daerah, dan jalan bebas hambatan/jalan tol yang menghubungkan kota-kota utama di Honshu, Shikoku, dan Kyushu.
Transportasi laut
Untuk menghubungkan kota-kota pelabuhan di Jepang, dan juga untuk menghubungkan pulau-pulau kecil dengan pulau lainnya, digunakan feri dan kapal laut.