Memangku dua jabatan sekaligus, membuat Suyanto kewalahan.[13] Baginya, jabatan Rektor Universitas Negeri Yogyakarta dan Dirjen Mandikdasmen tidaklah dapat dilakukan secara bersamaan apalagi tempat berkantor untuk kedua jabatan tersebut berbeda, di Yogyakarta (rektor) dan Jakarta (dirjen). Oleh karena itu, Suyanto pun mengundurkan diri dari jabatan rektor dan memokuskan diri menjalankan pekerjaan sebagai Direktur Jenderal Manajemen Pendidikan Dasar dan Menengah Kementerian Pendidikan Nasional Republik Indonesia.[14] Jabatan ini pun dipangkunya sepanjang 2005 sampai dengan 2010. Pada tahun 2010-2013, Suyanto dipercaya sebagai Pelaksana Tugas Dirjen Pendidikan Dasar Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia.[20]
Selama menjadi Direktur Jenderal Mandikdasmen dan Plt. Dirjen Dikdasmen, Suyanto membenahi sistem penyaluran dana Bantuan Operasional Sekolah (BOS) sehingga dana BOS dapat diterima sekolah lebih awal sekaligus dapat meminimalisasi penyelewengan penggunaannya.[18][21] Selain itu, selama menjabat, Suyanto juga dikenal ramah, humoris, dan dekat dengan awak media. Suyanto dapat dihubungi dengan mudah oleh awak media di luar jam dinas sekali pun. Kontribusi lain yang dinilai merupakan andil besar tokoh kelahiran Magetan ini adalah ikut memberi sumbangan dalam menghapus utang Negara kepada Pemerintah Jerman sebesar 750 miliar melalui program Debt Swap dari Pemerintah Jerman.[18]
Beberapa saat setelah Anies Baswedan menjadi Menteri Pendidikan dan Kebudayaan, muncul desakan untuk mengevaluasi Kurikulum 2013 yang dipandang diterapkan secara tergesa-gesa. Untuk kepentingan evaluasi ini, Anies Baswedan pun menunjuk Suyanto sebagai ketua Tim Evaluasi Kurikulum 2013. Tim ini pun merokomendasikan tiga opsi, (1) menghentikan total Kurikulum 2013, (2) sekolah yang selama ini nyaman dan tidak bermasalah menjalankan Kurikulum 2013, diputuskan tetap menjalankannya, dan (3) menjalankan Kurikulum 2013 sama seperti saat ini, yakni untuk semua unit sekolah di Indonesia.[24][25][26][27] Opsi kedualah, yaitu menerapkan Kurikulum 2013 secara terbatas, yang kemudian diterima dan dijalankan oleh Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan.[28][29]
Saat ini Suyanto menduduki jabatan Guru Besar Universitas Negeri Yogyakarta sekaligus Ketua Ikatan Alumni UNY.[16][17] Kendati disibukkan oleh berbagai jabatan yang diampunya, Suyanto senantiasa menyempatkan diri menulis[6][7][8][9][10][11][12] dan mengisi seminar.[1][2][3][4][5] Hingga saat ini, Guru Besar Fakultas Ekonomi UNY yang terkenal dengan jargon Publish or Perish[15] ini telah menghasilkan lebih dari seribu lima ratus tulisan.[30]
Sekretaris Redaksi Jurnal Penelitian dan Evaluasi, Pascasarjana Universitas Negeri Yogyakarta (1997-2006)
Konsultan Asia Development Bank (ADB) untuk Manajemen Pelaksanaan Proyek SSEP (Senior Secondary Education Project), Direktorat Jenderal Pendidikan Dasar dan Menengah di Kanwil Depdikbud Provinsi DIY (1997-1998)
Konsultan World Bank, dan sekaligus sebagai Counterpart Konsultan Internasional dalam bidang Penelitian Pendidikan Sekolah Dasar pada Proyek PGSD, Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan dan Kebudayaan (1996)
Ketua Dewan Redaksi Jurnal Penelitian Ipteks dan Humaniora, Lembaga Penelitian IKIP Yogyakarta (1996-2006)
Anggota Tim Pengelola dan Tim Pelaksana Pengembangan IKIP Yogyakarta (1996-1997)
Anggota dalam Tim Pengembangan Universitas Negeri Yogyakarta (1996-1997)
Ketua Tim Pengembangan Peta Potensi Akademik IKIP Yogyakarta (1996-1997)
Anggota Badan Pengkajian dan Pengembangan, Pimpinan Pusat Muhammadiyah (1995-2000)
Ketua Dewan Redaksi Jurnal Penelitian Pendidikan Dasar, Lembaga Penelitian Universitas Negeri Yogyakarta (1995-2006)
Ketua Dewan Redaksi Majalah Ilmiah Penelitian Ter-akreditasi Nasional: Jurnal Kependidikan, Lembaga Penelitian IKIP Yogyakarta (1994-2006)
Anggota Dewan Redaksi Jurnal Al Qolam, Universitas Ahmad Dahlan (UAD) Yogyakarta (1994-2006)
Anggota Dewan Redaksi Jurnal Pendidikan Teknologi dan Kejuruan, FPTK IKIP Yogyakarta (1994-2006)
Ketua Program Studi Penelitian dan Evaluasi Program Pascasarjana IKIP Yogyakarta (1994-1996)
Konsultan World Bank sebagai Senior Researcher and Subject Matter Specialist dalam Proyek Penelitian Bidang Studi di SLTP Provinsi Daerah Istimewa Yogyakarta (1994)
Ketua Lembaga Penelitian Universitas Ahmad Dahlan (UAD) Yogyakarta (1992-2006)
Staf Ahli Pembantu Rektor II (Bidang Keuangan dan Administrasi) IKIP Yogyakarta (1992-1994)
Anggota Dewan Redaksi Majalah Ilmiah, Informasi, FPIPS IKIP Yogyakarta (1990-1999)
Sekretaris Lembaga Penelitian Universitas Ahmad Dahlan (UAD) Yogyakarta (1987-1992)
Bagian ini memuat sebagian kecil dari karya yang dihasilkan.
Buku
Buku Panduan Media Pembelajaran Literasi Keuangan Robot Need & Want[35]
Betapa Mudah Menyusun Tulisan Ilmiah (Esensi, 2016)
Menjadi Guru Profesional: Strategi Meningkatkan Kualifikasi dan Kualitas Guru di Era Global (Esensi, 2013)[36][37]
Bagaimana Menjadi Calon Guru dan Guru Profesional (Multi Pressindo, 2013)
Wajib Belajar 9 Tahun untuk Masa Depan yang Lebih Baik (Ditjen Dikdas Kemdikbud RI, 2013)
Hidup Mati RSBI: Boleh Bubar, Virus Kualitasnya Tetap Menyabar (Ditjen Dikdas Kemdikbud RI, 2013)
Bantuan Siswa Miskin: Strategi Jitu Menyukseskan Wajib Belajar 9 Tahun di Indonesia (Ditjen Dikdas Kemdikbud RI, 2013)
Betapa Mudah Menulis Karya Ilmiah (Eduka, 2009)
Dialog Interaktif tentang Pendidikan: dari Konseptual, Menggelitik, sampai yang Ringan dan Ringan Sekali (Multi Pressindo, 2008)[38]
Dinamika Pendidikan Nasional dalam Percaturan Dunia Global (PSAP Muhammadiyah, 2006)
Wajah dan Dinamika Pendidikan Anak Bangsa (Adicita Karya Nusa, 2001)
Refleksi dan Reformasi Pendidikan di Indonesia Memasuki Milenium III (Adicita Karya Nusa, 2000)
Pokok-Pokok Pembelajaran Pendidikan Ekonomi di SLTP (Departemen Pendidikan Nasional, 2000)
Belajar: Perkembangan Teori dan Kegiatannya (Yayasan Penerbit FKIS-IKIP Yogyakarta, 1983)
Video
Video Pembelajaran Literasi Keuangan Need and Want [39]
Publikasi Internasional
Academic Freedom: Understanding and Experience of Higher Education Lecturers in Indonesia (Universal Journal of Educational Research 8(10): 4671-4683, 2020)[40]
Fostering Ki Hadjar Dewantara-Based Character Values Through Social Studies Learning Innovation For Primary School Students (International Journal of Psychosocial Rehabilitation Vol. 24, Issue 10, 2020)[41]
Model of Performance Improvement of Certified Teachers in Private Vocational Schools (Eurasian Journal of Educational Research 86 (2020) 25-38)[42]
New Tradition of Pesantren in Character Education[43]
Data Relating to Factors Affecting Teachers’ Burnout: A SEM Analysis in an Asian Context[44]
Teachers’ Burnout: A SEM Analysis in an Asian Context (Heliyon, Volume 6 Issue 1 January 2020)[45]
Building the Elementary School Students’ Character in 4.0 Era by Implementing TriNga and TriN Concepts in Thematic Learning (IJRTE, Volume-8, Issue- 1C2, May 2019, terindeks Scopus)[46]
Human Resource Management for Improving Internationalization at a Private University in Yogyakarta, Indonesia (Mediterranean Journal of Social Sciences, Vol. 10 No. 2 March 2019, terindeks Scopus)
Bringing Voluntary Financial Education in Emerging Economy: Role of Financial Socialization During Elementary Years (The Asia-Pacific Education Researcher, Volume 22/2013 - Volume 26/2017, terindeks Thompson ISI)
Evidence of Private Wage Returns to Schooling in Indonesia from Labor Force Surveys (Actual Problems of economics No. #2 (188), 2017, terindeks Scopus)
Indonesia’s School Operational Assistance Program (BOS): Challenges in Embedding Results-Based Aproach (Seoul, 22-23 Oktober 2012)
Enriching Future Generation: Education Promoting Indonesian Self-Development (Yogyakarta; UNY dan Yale University, 27 Juni 2011)
Technical and Vocational School Development Strategy in Indonesia (Istanbul, 18 – 20 Juni 2009)
Bridging The Education Gap: Improving Access, Equity, And Quality (The Case Of Indonesia) (Kuala Lumpur, 13-14 Maret 2008)
Regional Perspective on Current Initiatives and Opportunities for E-9 Teacher Networking: Indonesia – China (Seventh E-9 Ministrial Review Meeting, 10-12 Maret 2008)
Road Map 2006 – 2010: Policies in the Development of Technical Vocational School in Indonesia (Hanoi, 12 Januari 2008)
Primary and Secondary School Management: Challenges and Opportunities (Jakarta, 30 Juli 2007)
Indonesian Education in Comparison Of South East Asian Countries (Yogyakarta, 10 Desember 2004)
Strategy of Sport Development within the Frame Work of Local Autonomy: The Case of Indonesia (Yogyakarta, 10 September 2003)
Dialogue Among the Civilizations: The Role of Universities, Country Perspective: Indonesia (Korea, 20 – 23 November 2002)
A Glance at the Indonesian Educational System (Yogyakarta, 5-6 Februari 2002)
Education for Tolerance and Human Rights: Building Socio-Pedagogical Models for Indonesian Harmony in Diversity (Yogyakarta, 16 Juli 2001)
National Education Reform Agenda: The Principles of Change (Jakarta, 5 Juli 2001)
Publikasi nasional
Dampak Bantuan Operasional Sekolah (BOS) di Madrasah Tsanawiyah[47]
Paten
Robot Pengelola Keuangan (No. IDP000078530 tahun 2021)
Penghargaan
Tahun 2019 Suyanto mendapatkan Penghargaan Joon S. Moon untuk Alumni MSU Internasional yang Berprestasi. Penghargaan ini diberikan kepada individu yang memecahkan masalah terbesar dunia dan menjadikan dunia tempat yang lebih baik, menginternasionalkan pengalaman siswa, serta memajukan pengetahuan dan mengubah kehidupan di seluruh dunia.[48] Selain itu, Suyanto pernah mendapatkan penghargaan dari Mendikbud RI, Wakil Presiden RI, Markas Besar Kepolisian Republik Indonesia, dan lain-lain. Berikut daftar penghargaan yang diterima.
Penghargaan Joon S. Moon untuk Alumni MSU Internasional yang Berprestasi.[48][49]
Penghargaan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia sebagai salah satu penulis artikel terbaik dalam bidang pendidikan dan kebudayaan, dengan judul "Perlunya Re-orientasi Otonomi Perguruan Tinggi" (1998)[50]
Penghargaan Wakil Presiden Republik Indonesia sebagai pemenang Anugerah Jurnalistik karya tulis yang berjudul "Gerakan Pramuka dan Persoalan Lingkungan Hidup" (1997)[51]
Penghargaan Markas Besar Polri sebagai penulis artikel di surat kabar berjudul "Mendidik Masyarakat Melalui Uji Coba ULLAJ" (1994)[52]