Sungai ini berasal dari danau Kawah Ijen yang pH-nya sangat rendah (di bawah 0,4) dan berkandungan tinggi untuk sulfat (SO4; 70 000 mg/kg), klor(21 000 mg/kg), fluor (1 500 mg/kg), aluminium (5 000 mg/kg), besi (2000 mg/kg) dan logam lain (tembaga 0,5, seng 4, timah hitam 3 mg/kg). Air kawah mengalir keluar lewat pinggir kawah sebelah barat dan muncul kembali dalam bentuk sungai kecil yang merupakan awal dari sungai Banyupahit. Sungai tersebut bercampur dengan sungai berair jernih dan sumber air panas dari kaldera Ijen, kemudian mengairi dataran rendah di pesisir, 30 km dari kawah.
Geografi
Sungai ini mengalir secara berkala di wilayah timur pulau Jawa yang beriklim muson tropis. Suhu rata-rata setahun sekitar 17 °C. Bulan terpanas adalah Oktober, dengan suhu rata-rata 20 °C, and terdingin Januari, sekitar 14 °C.[3] Curah hujan rata-rata tahunan adalah 2121 mm. Bulan dengan curah hujan tertinggi adalah Januari, dengan rata-rata 407 mm, dan yang terendah Agustus, rata-rata 65 mm.[4]