South African Express mengoperasikan penerbangan langsung berikut (Januari 2008):
Cape Town ke Bloemfontein, East London, Maputo, Port Elizabeth, Walvis Bay dan Windhoek
Johannesburg ke Bloemfontein, East London, Gaborone, George, Hoedspruit, Kimberley, Lubumbashi (RDK), Nelspruit (Kruger Mpumalanga), Richards Bay, Victoria Falls (Zimbabwe), Walvis Bay dan Windhoek
Tanggal 17 Agustus2006, penerbangan pukul 6 pagi South African Express (SA1601) dari Johannesburg dijadwalkan mendarat di Richards Bay pukul 07.30, tetapi dipindahkan ke Durban setelah ancaman teroris terhadap Bandar Udara Richards Bay. Bandara Richards bay kembali normal dan pesawat terbang ke Richards Bay dan mendarat pukul 08.25.
Armada
Armada South African Express telah meliputi (November 2007):