Seminari Menengah St. Yohanes Don Bosco Samarinda atau akrab disebut Seminari Don Bosco adalah seminari menengah atau sekolah untuk para calon pastor setingkat SMA. Terletak di Jalan Pasundan, di Kelurahan Jawa atau dikenal sebagai Kampung Jawa, Samarinda. Berada di dalam Keuskupan Agung Samarinda.
Program kerja Pater Jac Kusters MSF meliputi 3 hal:
1. Perbaikan dibidang sosial, berhubung adanya pergeseran pada bidang adat dan kebiasaan pada kebiasaan pada masyarakat sebagai suku setempat.
2. Mengintensifkan karya pastoral, supaya khususnya permasalahan hidup perkawinan dapat ditangani secara lebih baik.
3. Mengusahakan adanya konsolidasi dibidang pendidikan dan pengajaran, karena adanya pembukaan sekolah-sekolah dan pertumbuhannya yang terlalu cepat, baik sekolah yang didirikan oleh Pemerintah maupun pihak Gereja.
Tanggal 12 Juli1950, Mgr. J. Groen MSF, Vikaris Apostolik Banjarmasin, mendirikan Seminari Menengah dengan nama pelindung St. Yosef Pekerja. Hal ini dimaksudkan untuk mencetak tenaga pastoral yang taat, tekun, bekerja keras serta setia pada karya dan rencana Allah.
Setelah empat tahun berjalan, ternyata banyak peminatnya, sehingga tahun 1954 Seminari St. Yosef ini dipindahkan ke Sanga-sanga, kira-kira 10 Km arah ke laut dari Kota Samarinda, Kalimantan Timur. Seminari St. Yosef Sanga-sanga direncanakan akan menjadi Seminari Menengah Regional bagi Vikariat Banjarmasin dan Samarinda.
Tahun 1956 diadakan konferensi Vikaris seluruh Kalimantan, salah satu keputusannya adalah mengirim 3 kelas ke Seminari Nyarungkop-Pontianak hal ini dilakukan karena di Seminari Sanga-sanga kekurangan tenaga pengajar.
Tanggal 27 Juni1959 Seminari Menengah St. Yosef Sanga-sanga di tutup. Kelas yang ada dipindahkan ke Seminari Nyarungkop Pontianak-Kalimantan Barat, hanya Kelas Persiapan Atas (KPA) tetap tinggal di Kalimantan Timur. Kemudian KPA ini dipindahkan ke Desa Tering, kira-kira 500 Km dari Samarinda.
Tahun 1961, Seminari Menengah dibuka kembali di Samarinda. Para Siswa Seminari selama tiga tahun pertama mengikuti pelajaran SMP dan tiga tahun selanjutnya mengikuti pelajaran SMA. Di Seminari mereka mendapat pelajaran tambahan Bahasa Latin dan bidang-bidang pembinaan agama. Cara pengajaran seperti ini dapat berlangsung dengan baik karena pada tahun 1959 telah dibuka SMP Katolik di Samarinda. Selanjutnya tahun 1963 SMA Katolik pun dibuka, sehingga siswa Seminari Menengah yang berbeda di Nyarugkop-Pontianak dipindahkan kembali ke Samarinda. Beberapa tahun kemudian Vikariat Banjarmsin juga mengirim siswa Seminarinya ke Samarinda.
Tahun 1971, Seminari St. Yosef diintegrasikan dengan Asrama St. Yohanes Don Bosco, sebuah asrama untuk pelajar Putra Non Seminaris yang didirikan tahun 1956. Semenjak penggabungan itu nama Seminari St. Yosef berubah menjadi "Asrama Seminari St. Yohanes Don Bosco. Pada tahun 1993, penggabungan ini dirombak, para Seminaris dipisahkan dengan yang non Seminaris. Para Seminaris pindah ke Gedung Seminari Don Bosco di jalan Pasundan 78, hingga sekarang.
Arti Lambang
Lambang didominasi bentuk bebijian yang melambangkan "BENIH=SEMEN (Bahasa Latin)" lebih lanjut pengertiannya berkembang menjadi " SEMINARE" lalau " SEMINARIUM" yang berarti "Penyemian Benih"
Makna Tulisan:
Warna Kuning = Keluhuran; Merah = Pengorbanan demi sesama; Hijau=Kesuburan untuk penyemian benih; Biru muda = Keteduhan demi kesehatan jiwa raga; Biru Tua= Kemantapan dalam iman; Hitam=Keteguhan hati menolak godaan duniawi.
1. Inti Benih dipadu dengan Salib dan Cawan/Sibori yang menyatu dengan mesbah atau Altar bermakna SANCTITAS: Kesucian salah satu motto Seminari yang membina para Seminaris/Calon Imam untuk dapat hidup dan mempunyai dedikasi yang tinggi untuk hidup mengarah kepada Tuhan dan menjunjung tinggi bidang kesakralan/kekudusan di tengah dunia yang sudah porak poranda.
2. Daging Benih yang menjadi latar inti benih bermakna SANITAS: Kesehatan salah satu motto Seminari yang membina para Seminaris/Calon Imam untuk mampu hidup dalam jiwa dan raga yang sehat,walau mereka berada di situasi dunia yang penuh dengan kekotoran, dan justru nanti akan menjadi tugas dan kewajiban mereka untuk membawa dunia ini menuju kekudusan kepada Tuhan.
3. Kulit benih yang menjadi pelindung Inti benih yang bermakna SCIENTIA: Science/Pengetahuan salah satu moto Seminari yang membina para Seminaris/Calon Imam untuk memiliki Science/pengetahuan,dan Teknologi karena dewasa ini kemajuan dunia informatika begitu pesat dan up to date para calon Imampun harus bisa menyesuaikan semuanya itu dalam rangka menunjang pelaksanaan tugas dan kewajibannya kelak sebagai Imam dalam melayani umat.
Kapel
Untuk melengkapi Seminari Menengah Don Bosco dibangun kapel dalam lingkungan seminari di jalan Pasundan yang dimulai pembangunannya pada tanggal 15 Maret2009 dengan ditandai pemberkatan peletakan batu pertama oleh Pastor Hendrik Nuva, SVD dan disaksikan oleh Uskup Agung Samarinda Mgr. Florentinus Sului Hajang Hau, M.S.F.