SMA Negeri (SMAN) 3 Jayapura, merupakan salah satu Sekolah Menengah Atas Negeri terbaik yang ada di Provinsi Papua, Indonesia. Masa pendidikan sekolah di SMAN 3 Jayapura ditempuh dalam waktu dua sampai tiga tahun pelajaran, untuk kelas XII dan mulai tahun 2011 kemarin, telah diberlakukan sistem SKS bagi siswa siswi angkatan XIX dan angkatan XX atau kelas XII tahun ini. Pada angkatan XXI terjadi perubahan kurikulum menjadi Kurikulum 2013.
Mulai tahun 2011 SMAN 3 Jayapura juga telah membuka kelas akselerasi atau yang biasa disebut dengan kelas SCI (Siswa Cerdas Istimewa) dengan syarat IPK siswa tidak kurang dari 8,6. Kelas SCI memiliki waktu tempuh pendidikan yang lebih singkat, yaitu 4 semester atau 2 tahun pelajaran. Kelas SCI sempat diberhentikan pada tahun ajaran 2013/2014 karena pergantian kurikulum, akan tetapi pada tahun ajaran 2014/2015 kembali dibuka lagi.
SMAN 3 Jayapura adalah SMA yang menggunakan sistem Boarding School (Asrama) di Jayapura selain Taruna Bakti, dibagi menjadi 2 asrama, yakni asrama putra dan asrama putri. Di dalam asrama putra terdapat 5 barak yaitu barak A, B, E, F, dan H, sedangkan untuk barak putri, terdapat 4 barak, yaitu barak C, D, G, dan I.
Pada tahun 2007, sekolah ini menggunakan Kurikulum Tingkat Satuan Pendidikan sebelumnya dengan KBK.[butuh rujukan]
Fasilitas
Berbagai fasilitas dimiliki SMAN 3 Jayapura untuk menunjang kegiatan belajar mengajar. Fasilitas tersebut antara lain:
Ekstrakurikuler
SMA Negeri 3 memiliki banyak kegiatan ekstrakurikuler, di antaranya,
English Club
