Pada tahun ini, mahkota yang digunakan diganti dan untuk pertama kalinya, 3 besar pemenang menggunakan mahkota yang berbeda warna namun dengan desain yang sama.
Bentuk mahkota baru terinspirasi dari Candi Borobudur yang dipersembahkan oleh Emas Putih PLG.
Warna merah pada mahkota Puteri Indonesia 2016 melambangkan keberanian rakyat Indonesia untuk cinta kepada Indonesia.
Warna hijau pada mahkota Puteri Indonesia Lingkungan 2016, menggambarkan hutan Indonesia yang merupakan nomor 2 terbesar di dunia setelah Brazil, serta juga menggambarkan kesejukan keberuntungan dan memberi rasa perlindungan. Hal tersebut sangat mewakili seorang Puteri Indonesia Lingkungan yang bertugas melindungi alam dan lingkungan Indonesia
Warna biru pada mahkota Puteri Indonesia Pariwisata 2016 menggambarkan lautan yang ada di Indonesia yang direpresentasikan oleh gelombang ombak laut berwarna biru. Warna biru melambangkan lautan Indonesia yang indah, dinamis, dan kelembutan. Indonesia merupakan Negara kepulauan yang terbesar di dunia begitu juga dengan lautannya. Mahkota ini sangat mewakili seorang Puteri Indonesia Pariwisata yang bertugas mempromosikan pariwisata dan kebudayaan di Indonesia
^Jean Trifena Patty (Puteri Indonesia Maluku 2016 dan Puteri Kepulauan Indonesia Timur 2016) meninggal pada tanggal 29 Desember 2016 karena penyakit asam lambung.
