Sementara itu, pemimpin ShinsengumiKondō Isami, mundur ke Edo setelah Pertempuran Toba-Fushimi. Di Edo, ia bertemu dengan pimpinan militer keshogunan Katsu Kaishū. Kondō membentuk sebuah unit baru yang diberi nama Koyo Chimbutai. Unit yang beranggotakan sisa-sisa anggota Shinsengumi ini berangkat dari Edo pada 1 Maret 1868.
Pertempuran
Angkatan darat kekaisaran tiba di kubu Tokugawa di Kofu, Yamanashi, dan mendudukinya setelah menemui sedikit perlawanan. Pada 29 Maret 1868, pasukan kekaisaran bentrok dengan pasukan keshogunan di Pertempuran Katsunuma (sekarang termasuk wilayah Kōshū, Yamanashi). Setelah kalah jumlah 1 banding 10, pasukan keshogunan kalah dan menderita korban 179 tewas dan luka. Para tentara keshogunan yang selamat, termasuk pemimpin mereka Kondō Isami, berusaha melarikan diri ke Aizu melalui Provinsi Sagami yang masih dikuasai oleh hatamoto pendukung Keshogunan Tokugawa.
Pascapertempuran
Meski berhasil melarikan diri, Kondō Isami ditangkap di Nagareyama, Chiba. Ia lalu dihukum pancung di Itabashi oleh Pemerintah Meiji yang baru dibentuk. Pertempuran Kōshū-Katsunuma adalah aksi militer penting terakhir di Pulau Honshu selama Perang Boshin. Kematian Kondō Isami makin mendemoralisasi pendukung Tokugawa, hingga akhirnya Istana Edo jatuh tanpa pertumpahan darah pada tahun berikutnya.
Bacaan lanjutan
Aikawa Tsukasa and Kikuchi Akira. Shinsengumi Jitsuroku. Tōkyō: Chikuma-Shōbō, 1996.