Angkatan laut Republik Ezo berintikan kapal perang Kaiten. Armada Republik Ezo sebetulnya terdiri dari delapan kapal perang bertenaga uap: Kaiten, Banryū, kapal meriamChiyoda,[1]Chōgei, Kaiyō Maru, Kanrin Maru, Mikaho, dan Shinsoku. Namun Kaiyō Maru dan Shinsoku hilang dalam pertempuran sebelumnya di front Esashi, dan Kanrin Maru telah dirampas oleh tentara kekaisaran setelah mengalami kerusakan akibat cuaca buruk. Kehilangan dua kapal utama tersebut sangat melemahkan armada Republik Ezo.
Angkatan laut kekaisaran yang baru dibentuk lebih lemah dibandingkan Angkatan Laut Republik Ezo, baik dalam hal kekuatan armada, latihan, dan kekompakan (sebagian besar kapal adalah kapal pinjaman dari domain-domain di Jepang barat). Namun angkatan laut kekaisaran berada di atas aingin setelah hilangnya dua kapal Republik Ezo (Kaiyō Maru dan Kanrin Maru) pada aksi sebelumnya, dan tibanya kapal revolusioner Kōtetsu pada April 1868 untuk memperkuat armada kekaisaran. Kōtetsu awalnya dipesan oleh Keshogunan Tokugawa, tetapi penyerahannya ditunda oleh Amerika Serikat setelah terjadi konflik di Jepang (berdasarkan prinsip netralitas negara asing). Kapal ini akhirnya diserahkan kepada Pemerintah Meiji yang baru dibentuk. Selain itu armada kekaisaran mendapat dukungan dari dua kapal angkut yang dicarter oleh Amerika Serikat untuk mengangkut pasukannya.
Jalannya pertempuran
Tenggelamnya Chōyō oleh kapal pemberontak Banryū
Armada kekaisaran yang diberangkatkan untuk mengerahkan pasukan di Hokkaido, menghancurkan benteng-benteng pemberontak di pesisir dan menyerang kapal Republik Ezo. Pada 4 Mei 1869, Chiyodagata ditangkap oleh armada kekaisaran setelah kandas dan ditinggalkan oleh awaknya. Pada 7 Mei 1869, Kaiten terkena tembakan meriam dan lumpuh. Banryū berhasil menenggelamkan Chōyō milik kekaisaran, tetapi Banryū rusak berat dan kemudian ikut tenggelam.
Angkatan Laut Kekaisaran Jepang memenangkan pertempuran ini. Peristiwa ini akhirnya mendorong menyerahnya Pemerintah Republik Ezo pada akhir bulan Mei 1869.
Pertempuran darat dan laut Hakodate menurut lukisan Jepang.
Kapal-kapal dari angkatan laut asing, HMS Pearl dari Britania dan Coetlogon dari Prancis berada di perairan tempat pertempuran terjadi, dan bersikap netral. Kapten Prancis Jules Brunet yang melatih para pemberontak dan membantu mengorganisir pertahanan Republik Ezo menyerah di atas kapal Coetlogon pada 8 Juni 1869.
Ballard C.B., Vice-Admiral G.A. The Influence of the Sea on the Political History of Japan. London: John Murray, 1921.
Jentschura, Hansgeorg; Dieter Jung, Peter Mickel. Warships of the Imperial Japanese Navy, 1869-1945. United States Naval Institute, Annapolis, Maryland, USA; 1977. ISBN 0-87021-893-.
Onodera Eikō, Boshin Nanboku Senso to Tohoku Seiken. Sendai: Kita no Sha, 2004.
