Masjid ini memiliki luas bangunan 43.500 meter persegi, dengan luas bangunan pendukung 7.115 meter persegi, dan luas lantai basemen 10.235 meter persegi. Lantai dasar masjid memiliki luas 10.270 meter persegi dan lantai utama memiliki luas 8.185 meter persegi. Luas lantai balkon masjid ini adalah 5.290 meter persegi. Lokasi ini dulunya merupakan area penggergajian kayu milik PT Inhutani I yang kemudian dihibahkan kepada Pemerintah Provinsi Kalimantan Timur.
Masjid ini memiliki tujuh minaret, dan minaret utamanya mencapai 99 meter, yang mengacu pada asmaulhusna, atau 99 nama Allah. Minaret utama terdiri dari bangunan dengan 15 lantai dan setiap lantai memiliki ketinggian rata-rata 6 meter. Sedangkan anak tangga dari lantai dasar ke lantai utama masjid berjumlah 33 anak tangga. Jumlah ini sengaja disamakan dengan sepertiga jumlah tasbihIslam.[3]
Selain minaret utama, bangunan ini juga memiliki enam minaret lainnya di sisi masjid. Empat di antaranya berada di setiap sudut masjid dan tingginya mencapai 70 meter, dan dua di antaranya berada di pintu gerbang dan tingginya mencapai 57 meter. Keenam minaret juga berarti jumlah Rukun Iman dalam Islam.[4]