Keterlibatan Mark Chen dalam politik adalah dimulai dengan partisipasinya dalam gerakan kemerdekaan Taiwan di Amerika Serikat. Bersama beberapa temannya, ia membentuk Aliansi Kemerdekaan Taiwan se-Amerika pada tahun 1966. Tahun 1970, ia turut membentuk Perserikatan Kemerdekaan Taiwan se-Dunia. Dalam beberapa organisasi di mana ia berpartipasi, ia turut bertanggungjawab untuk melakukan lobi politik kepada senator Amerika Serikat berkaitan dengan kepentingan Taiwan.[butuh rujukan]
Karier politik
Sampai pada tahun 1987, setelah larangan pulang ke Taiwan terhadap dirinya dicabut pemerintah Kuomintang, ia kemudian pulang dan melanjutkan perjuangannya di Taiwan. Ia bergabung dengan Partai Progresif Demokrat pada tahun 1992.[butuh rujukan]
Karier politiknya antara lain:
Anggota parlemen dari Partai Progresif Demokrat (1992 - 1993)
Bupati Kabupaten Tainan (1993 - 2001)[butuh rujukan]
Anggota parlemen dari Partai Progresif Demokrat (2001 - 2004)[butuh rujukan]