Pada tahun 1965 Pemerintah Republik Indonesia dalam hal ini Departemen Agama, memandang perlu untuk menambah jumlah lembaga pendidikan calon guru agama yaitu Pendidikan Guru Agama (PGA) Negeri yang tersebar di seluruh Indonesia, termasuk Kabupaten Banjarnegara. Salah satu alasan mendasar berdirinya PGA adalah untuk membendung lajunya ajaran komunis di Indonesia, karena pada saat itu komunis sudah tampak merebak di mana–mana yang dampaknya antara lain menjadikan sesat manusia di mana mereka tidak mengakui adanya Allah Dzat yang menciptakan alam semesta.
Berdasar Surat Keputusan Menteri Agama Nomor. 39/1965 tanggal 7 Juni tahun 1965, kabupaten Banjarnegara ditunjuk untuk mendirikan Pendidikan Guru Agama Negeri 4 Tahun. Dan sekitar bulan Juni tahun 1965 Kepala Kantor Inspeksi Pendidikan Agama Kabupaten Banjarnegara membentuk Panitia Pendaftaran Calon siswa PGAN 4 Tahun, di mana seluruh siswa diajukan untuk mendapatkan Tunjangan Ikatan Dinas (TID) kepada pemerintah. Sehingga bila mereka telah lulus, mereka harus bersedia ditempatkan di seluruh Indonesia sebagai guru agama.
Upacara peresmian berdirinya PGA Negeri 4 tahun Banjarnegara dilaksanakan pada tanggal 1 Oktober tahun 1965 dengan mengambil tempat di gedung SMP Negeri 1 Banjarnegara dengan Pjs Kepala Bp. Amanullah. Status PGA Negeri 4 tahun Banjarnegara kemudian ditingkatkan menjadi PGA Negeri 6 tahun berdasarkan Surat Keputusan Menteri Agama Nomor 51/1969 tanggal 24 Juni tahun 1969 yang diresmikan pada bulan Maret tahun 1970 dengan Kepala Sekolah Bp. Achmad Soehardjo, B.A. Namun, seiring laju perkembangan sistem pendidikan di Indonesia dan berdasarkan surat Keputusan Menteri Agama Nomor 19/1978 tertanggal 16 Maret tahun 1978, PGA Negeri 6 Tahun Banjarnegara, dipecah menjadi dua dengan ketentuan:
a. Pertama
Yang semula kelas I, II dan III PGA Negeri berubah menjadi kelas I, II dan III Madrasah Tsanawiyah Negeri 1 Banjarnegara, dan
b. Kedua
Yang semula kelas IV, V dan VI PGA Negeri menjadi kelas I, II dan III PGA Negeri Banjarnegara.
Untuk sementara waktu MTs Negeri 1 Banjarnegara masih menggunakan fasilitas PGA Negeri karena belum memiliki gedung sendiri.
Pada tahun 1980 Bapak Muchtarom ditetapkan dan dilantik oleh kepala Wilayah Departemen Agama Provinsi Jawa Tengah sebagai Kepala MTs Negeri 1 Banjarnegara. Mulai saat itu kegiatan belajar mengajar MTs Negeri 1 Banjarnegara sebagian dilaksanakan di gedung Al Munawaroh dengan alamat Jalan Gumelar atau di belakang Gedung Kecamatan Banjarnegara lama.
Seiring dengan perkembangannya, pada tahun pelajaran 1993/1994 MTs Negeri 1 Banjarnegara menempati gedung baru di Jalan Raya Semampir No. 01 Banjarnegara yang terdiri dari 6 lokal kelas di atas tanah seluas 3.500 m2. Di tempat inilah sampai sekarang MTs Negeri 1 Banjarnegara melaksanakan kegiatannya.
Madrasah Tsanawiyah Negeri 1 Banjarnegara pada perjalanan selanjutnya mengalami peningkatan yang signifikan. Masyarakat antusias menyekolahkan putra putrinya ke MTs Negeri 1 Banjarnegara. Dalam kurun waktu yang tidak terlalu lama, MTs Negeri 1 Banjarnegara mengalami peningkatan jumlah siswa sehingga sudah menjadi kebutuhan untuk memperluas lahan. Sampai saat ini Madrasah Tsanawiyah Negeri 1 Banjarnegara menempati areal tanah seluas 7.212 m2. Luas gedung 2.418 m2. Sedangkan luas halaman 2.694 m2. Kini MTs Negeri 1 Banjarnegara dilengkapi dengan fasilitas dan sarana pendukung pembelajaran bagi tumbuh kembang potensi siswa-siswi Banjarnegara. Di tahun pelajaran ini, MTs Negeri 1 Banjarnegara berhasil meningkatkan jumlah siswanya hingga 10% dari tahun sebelumnya yakni 914 siswa yang terbagi dalam 28 ruang kelas.
Kepemimpinan di MTs Negeri 1 Banjarnegara telah mengalami beberapa kepala madrasah yang menjabat sesuai periodesasinya. Yaitu:
a. Periode 1978/1979 – 1979/1980: Bapak Ahmad Soehardjo, B.A.
b. Periode 1979/1980 – 1981/1982: Bapak Muchtarom.
c. Periode 1981/1982 – 1986/1987: Bapak Drs. Adnan.
d. Periode 1986/1987 – 1996/1997: Bapak Mardjuki, B.A.
e. Periode 1996/1997 – 2001/2002: Bapak Drs. H. Sanuri Rachmat Syah, Bc.Hk.
f. Periode 2001/2002 – 2002/2003: Bapak Drs. H. Khozin Sukardi, M.Ag.
g. Periode 2002/2003 – 2010/2011: Ibu Hj. Noor Hasanah, S.Pd.I.
h. Periode 2010/2011 – 2016/2017: Bapak Drs. H. Budiyanto, M.Pd.
i. Periode 2016/2017 – 2020/2021: Bapak Drs. H. Moh Zaenal, M.Pd.
j. Periode 2020/2021 – 2024/2025: Bapak H. Eko Widodo, S.Pd., M.Si.
k. Periode 2024/2025 – sekarang: Bapak Drs. H. Yatiman, M.Pd.I.
Di bawah kepemimpinan Bapak Drs. H. Yatiman, M.Pd.I., MTs Negeri 1 Banjarnegara yang diperkuat oleh 66 Guru dan Tenaga Kependidikan berkomitmen, bertekad dan berjuang bersama untuk melaksanakan Visi Madrasah Tsanawiyah Negeri 1 Banjarnegara, yakni “Terwujudnya generasi Islami, cerdas, peduli dan berbudaya lingkungan”
Perjuangan MTs Negeri 1 Banjarnegara semakin mantap dengan dukungan penuh dari Komite madrasah yang solid di bawah kepemimpinan Bapak Drs. H. Sumarna, M.M., dan jajaran pengurus:
Sekretaris: Bapak Rosikhun, S.Pd.
Bendahara: Bapak Suratin, S.Ag.
Anggota: Bapak Sukarno Nursalim, Bapak Suswanto, Bapak Muflih, M.Pd., Bapak KH. Muhammad Sukron, LC, M.A., Bapak Mohamad Arif Hidayat, Ibu Khusnul Hidayati, S.Pd.
Pengawas Komite: Bapak Ahmad Mustofa, Bapak Djarnudin.
Sinergi dari seluruh keluarga besar mengantarkan MTs Negeri 1 Banjarnegara mencapai prestasi peserta didik madrasah tertinggi di Kabupaten Banjarnegara di tahun 2022 dengan raihan 7.123 medali untuk prestasi akademik dan non akademik baik dari ajang lokal, nasional hingga internasional.
Demikian sejarah dan derap langkah 46 tahun perjuangan seluruh keluarga besar MTs Negeri 1 Banjarnegara mengantarkan ribuan generasi Banjarnegara menggapai asa.
