Sebanyak 26 tim (tim berperingkat 28-53) mengikuti kualifikasi babak pertama zona Afrika dengan sistem pertandingan kandang-tandang. 13 pemenang berhak mengikuti kualifikasi babak kedua.
^Somalia memainkan pertandingan kandang di Ethiopia akibat adanya perang di Somalia.
^Pertandingan antara Sudan Selatan v Mauritania ditbatalakan setelah 10 menit karena hujan deras, dengan kedudukan saat itu 1–1. Pertandingan dijadwal ulang pada 8 Oktober 2015, 11:00 UTC+3.[6]
^Sierra Leone memainkan pertandingan kandang di Nigeria akibat adanya isu wabah Ebola.
^Pertandingan Swaziland v Djibouti dijadwalkan pada 13 Oktober 2015, 19:00 UTC+3, tapi batalkan hingga 17 Oktober 2015, karena timnas Djibouti tidak dapat datang tepat waktu.[7]
^Afrika Tengah memainkan pertandingan kandang di Madagaskar akibat adanya perang di Afrika Tengah.[8]