Komisi Pemberantasan Korupsi menetapkan Khairuddin sebagai tersangka pengurusan Dana Alokasi KhususAPBN-P 2017 dan APBN 2018 untuk Kabupaten Labuhanbatu Utara terkait program e-planning dengan total permohonan sebesar Rp. 504,7 milyar melalui kesepakatan kolutif dengan mantan pejabat Kementerian Keuangan yang menyanggupi dengan imbalan sebesar dua persen dari dana diterima.[2] Atas tindakannya yang secara bersama-sama melawan hukum dan menyalahgunakan kewenangannya merugikan keuangan negara, Khairuddin divonis 1 tahun 6 bulan penjara dan denda Rp. 100 juta subsider 2 bulan penjara, melalui putusan Pengadilan Tindak Pidana KorupsiMedan pada April 2021. Majelis hakim menolak permintaan terdakwa sebagai saksi pelaku (justice collaborator).[3]
Kasus Pajak
Khairuddin kembali menjalani persidangan di Pengadilan NegeriMedan dalam kasus korupsi insentif pungutan Pajak bumi dan bangunan sektor perkebunan senilai Rp. 2,1 milyar untuk periode tahun 2013-2015. Ia dituntut 1 tahun 6 bulan penjara dan denda Rp. 100 juta subsider 3 bulan penjara serta tidak dibebankan biaya pengganti karena kerugian negara telah dikembalikan seluruhnya.[4][5][6]
